๒. ในแง่การแตกแยกนิกาย พุทธศาสนาก็มีการแบ่งออกเป็นนิกายทั้งนิกายใหญ่และนิกายย่อย อย่างที่มีมหายานกับเถรวาท ดังที่ปรากฏอยู่ หรือจะนับวัชรยานแยกออกไปอีกก็ได้ และในนิกายใหญ่เหล่านี้ ก็ยังมีนิกายย่อยแยกออกไปอีก โดยเฉพาะในฝ่ายมหายาน ซึ่งมีนิกายสาขามากมาย
แต่ข้อที่สำคัญก็คือ ไม่ว่าจะแตกแยกกันไปเท่าไร ก็ไม่มีการใช้กำลังเข้าประหัตประหารทำลายกัน อันต่างจากประวัติศาสตร์ของประเทศตะวันตกอย่างไม่อาจนำมาเปรียบเทียบกัน
กล่าวได้ว่า การแตกแยกและวิวาทกัน อยู่ในขอบเขตของการใช้วิธีการแห่งปัญญา ด้วยการพูดจาถกเถียงแสดงเหตุผล (หรือในบางยุคบางสมัยก็ไม่ใช้แม้แต่วิธีการแห่งปัญญา เพียงแต่ปล่อยเรื่อยๆ เฉื่อยๆ กันไป)
เมื่อมีการแตกแยก และจะแก้ไข หลักการแก้ไขก็คือการพยายามรักษาพระสัทธรรมซึ่งเป็นตัวหลักการที่แท้ไว้ ถ้าเป็นกรณีที่ใหญ่มาก และสมควร ก็มีการสังคายนา
งานอย่างหนึ่งซึ่งมีการดำเนินการในบางคราว คือการประชุมสอบความรู้พระสงฆ์ ถ้าไม่รู้ไม่เข้าใจ เห็นผิด ก็ให้ลาสิกขาไป เพราะเมื่อไม่รู้และไม่ปฏิบัติตามหลักการของพระธรรมวินัย ก็ไม่มีสิทธิที่จะครองเพศแสดงตนว่าเป็นพระภิกษุ (ที่จริงก็คือเป็นภิกษุปลอม คือไม่ใช่ภิกษุจริง จึงควรจะปฏิบัติให้ตรงตามความจริง ด้วยการกลับออกไปเป็นคฤหัสถ์ ไม่ใช่มาหลอกประชาชนอยู่)
แต่เกณฑ์ที่ใช้วัดนี้ มิใช่เรื่องง่าย จะต้องระวังให้มาก เพื่อให้ได้เครื่องวัดความรู้เข้าใจหลักการที่แท้จริง
การสอบความรู้พระภิกษุอย่างนี้ ครั้งใหญ่ที่สุดคงจะได้แก่ในรัชสมัยของพระเจ้าอโศกมหาราช ที่พระภิกษุผู้ไม่ผ่านการสอบต้องนุ่งผ้าขาวลาสิกขาไปประมาณ ๖๐,๐๐๐ รูป
ถ้าถือว่าเป็นการลงโทษ นี่ก็คือการลงโทษที่รุนแรงในพุทธศาสนา แต่จะไม่มีการประหัตประหารกัน
ในประเทศไทยสมัยก่อน พระภิกษุผู้ทำผิดธรรมวินัยร้ายแรง เมื่อสึกออกมาแล้ว บางทีมีการลงอาญาแผ่นดิน เป็นโทษทางบ้านเมืองต่ออีก แต่ก็เป็นเรื่องกรณีทำความผิดของบุคคล ไม่ใช่การขัดแย้งทะเลาะวิวาทของหมู่ชน
แม้แต่เรื่องที่เล่ากันมาว่าเกิดขึ้นในสมัยพระเจ้าตากสินมหาราช แห่งกรุงธนบุรี ก็เทียบไม่ได้เลยแม้เพียงกระผีกริ้นกับเหตุการณ์ที่เป็น persecution ในโลกตะวันตก