ประเทศญี่ปุ่นเป็นตัวอย่างสำคัญที่จะให้เห็นว่า บทบาทของนักเผยแผ่ศาสนาคริสต์ มีผลรุนแรงทางการเมือง และทำให้เกิดความเปลี่ยนแปลงทางประวัติศาสตร์มากมายเพียงใด
ในช่วงกลางถึงปลายคริสต์ศตวรรษที่ 16 เมื่อโปรตุเกสและ สเปนเข้าไปค้าขายที่ญี่ปุ่น นักสอนศาสนาก็เข้าไปกับเรือสินค้าด้วย
ตอนนั้นพวกขุนนางและทหารที่อยากได้สินค้าและยุทโธปกรณ์ของฝรั่ง ก็พากันเอาอกเอาใจคณะนักสอนศาสนาและช่วยปกป้องคุ้มครองศาสนาคริสต์ (ทั้งนี้เพราะเรือสินค้าของฝรั่งบางทีก็วางท่าออกมาว่าจะไม่ยอมเข้าจอดในเมืองท่าที่ขุนศึกไม่แสดงไมตรีสนับสนุนงานของมิชชันนารี)
ที่สำคัญยิ่งก็คือ ในญี่ปุ่นยุคนั้น พระสงฆ์นิกายสำคัญในพุทธศาสนามหายานได้เข้าไปยุ่งเกี่ยวกับการเมือง มีอิทธิพลมากถึงกับมีกองทหารของตนเอง และท้าทายอำนาจของขุนศึก
ในที่สุดขุนศึกโอดะ โนบุนากะ (Oda Nobunaga) ได้ปราบปรามทำลายวัดเอนริวกุ (Enryaku) ศูนย์กลางใหญ่ของนิกายเทนไดลงได้ และใช้เวลาสู้รบถึงกว่า ๑๐ ปี จึงทำให้วัดฮองอัน (Hongan) ของนิกายอิกโก (Ikko) ยอมแพ้
ขุนศึกโนบุนากะได้ยึดทรัพย์สินของวัดใหญ่นั้น และเพื่อตัดทอนอิทธิพลทางการเมืองของวัดพุทธศาสนา เขาได้หันมาส่งเสริมการเผยแผ่คริสต์ศาสนาในญี่ปุ่น
อย่างไรก็ตาม ต่อมาไม่นาน ฝ่ายญี่ปุ่นเกิดล่วงรู้ขึ้นมาว่านักสอนศาสนาคริสต์ทำงานช่วยการยึดครองอาณานิคม ดังที่ฝรั่งเขียนไว้ว่า (“Tokugawa period,” Britannica, 1997)
เมื่อเกิดรู้ขึ้นมาว่า การแผ่ขยายอาณานิคมของสเปนและโปรตุเกสในทวีปเอเชีย สำเร็จได้ด้วยอาศัยผลงานของพวกมิชชันนารี เหล่าโชกุนแห่งยุคโตกุกาวะ (Tokugawa) ก็จึงมองพวกมิชชันนารีว่าเป็นภัยคุกคามต่อการปกครองของตน
การที่พวกขุนศึกญี่ปุ่นเกิดรู้ขึ้นมาได้นี้ คงจะเป็นเพราะพวกประเทศนักล่าอาณานิคม ซึ่งนับถือศาสนาคริสต์ต่างนิกายกัน มีผลประโยชน์ขัดแย้งกันและอิจฉาริษยากันเอง จึงลอบบอกแก่ผู้ปกครองบ้านเมืองของญี่ปุ่น ดังความว่า1
...งานสอนศาสนาคริสต์ถูกสั่งห้ามทั้งหมด เมื่อพวกโปรเตสแตนต์ชาวอังกฤษและชาวฮอลันดา เตือนรัฐบาล(ญี่ปุ่น) ให้รู้ถึงความที่พวกคาทอลิกชาวสเปน และชาว โปรตุเกสมีใจมุ่งหมายอยากได้ดินแดน
แต่มีเอกสารของญี่ปุ่นเล่าไว้อย่างอื่นอีก ซึ่งน่าจะเป็นได้ว่า ทางการของญี่ปุ่นคงจะได้รอดูเพื่อสืบสาวเรื่องราวจนแน่ใจ
ดังมีเรื่องที่คนญี่ปุ่นเล่าว่า ครั้งหนึ่ง มีนายเรือสเปนคนหนึ่ง ต้องการจะให้ชาวญี่ปุ่นยำเกรงอำนาจแห่งประเทศของตน ได้พูดว่า “พระมหากษัตริย์คาทอลิกทรงส่งพระคุณเจ้าเหล่านี้มาเผยแพร่ศาสนา เพื่อเปลี่ยนศาสนาชาวเมืองเสียก่อน แล้วจึงจะร่วมมือกับนายทัพของพระมหากษัตริย์เจ้า ช่วยให้ยึดครองแผ่นดินได้ง่ายในภายหลัง”
ขุนศึกที่ครองอำนาจสืบต่อมาหลังจากโนบุนากะ ได้หันกลับไปเป็นปฏิปักษ์ต่อนักสอนศาสนาคริสต์
ต่อมาก็ได้สั่งห้ามการสอนศาสนาคริสต์และถึงกับทำการกำจัดกวาดล้าง (persecution) อย่างรุนแรง เพื่อถอนรากถอนโคนศาสนาคริสต์ออกจากประเทศญี่ปุ่น และในที่สุดก็ขับไล่ชาวตะวันตกออกจากประเทศ และห้ามคนญี่ปุ่นเดินทางออกนอกประเทศ หรือกลับเข้ามา
จากนั้นญี่ปุ่นก็เข้าสู่นโยบายปิดประเทศ (policy of national seclusion) ตั้งแต่ ค.ศ.1633 จนกระทั่งสหรัฐอเมริกาส่งนายพลเปอร์รี (Commodore Matthew C. Perry) นำเรือรบมาบังคับให้ญี่ปุ่นเปิดประเทศค้าขายติดต่อกับตะวันตกอีก ใน ค.ศ.1853-1854
ช่วงเวลาที่ญี่ปุ่นปิดประเทศอย่างยาวนานเกือบ ๒๕๐ ปี ประวัติศาสตร์บันทึกไว้ว่า เป็นระยะเวลาแห่งความสงบสุขมั่นคง และมีความเจริญทางเศรษฐกิจเป็นอย่างยิ่ง
อย่างไรก็ตาม เมื่อถูกเรือรบอเมริกันบังคับให้เปิดประเทศ ญี่ปุ่นก็ได้รู้ตัวว่าประเทศของตนล้าหลังตะวันตกในด้านเทคโนโลยีเป็นอย่างมาก จนไม่มีกำลังจะขัดขืนการขู่บังคับได้
จากนั้นญี่ปุ่นก็เร่งรัดปรับปรุงประเทศชาติให้เจริญอย่างสมัยใหม่แบบตะวันตก จนประสบความสำเร็จภายในเวลาอันรวดเร็ว