ยุคอาณานิคมสมัยใหม่ (modern colonialism) เริ่มต้นเมื่อใกล้จะขึ้นสู่คริสต์ศตวรรษที่ 16
การล่าอาณานิคมยุคนี้ เป็นการแผ่อำนาจของประเทศตะวันตก ซึ่งนับถือคริสต์ศาสนา
ฝรั่งเองพูดกันมาว่า การแสวงหาอาณานิคมมีเป้าหมายใหญ่ ๓ ประการ ดังที่พูดเป็นคำชุดว่า เพื่อ “…gold, God and glory”
พูดเป็นไทยเรียงลำดับใหม่ว่า เพื่อ แผ่ศาสนา - หาความมั่งคั่ง – ครองความยิ่งใหญ่
ยุคอาณานิคมของประเทศคริสต์เริ่มขึ้นในช่วงที่จักรวรรดิออตโตมาน ของเตอร์กส์มุสลิมกำลังเริ่มจะเสื่อมอำนาจ แต่กระนั้นก็ยังมีกำลังความยิ่งใหญ่เพียงพอที่จะกีดกั้นไม่ให้ประเทศตะวันตกฝ่าเข้าไป จึงเป็นเหตุให้ประเทศตะวันตกเหล่านั้นต้องออกล่าเมืองขึ้นโดยทางทะเล ดังกล่าวแล้ว
ตอนแรกสเปนกับโปรตุเกสเป็นเจ้าใหญ่ในการล่าอาณานิคมก่อน แต่ก็ขัดแย้งกัน จึงปรากฏว่าใน ค.ศ.1493 สันตะปาปา อเลกซานเดอร์ ที่ ๖ (Pope Alexander VI) ได้ประกาศโองการกำหนดเส้นขีดจากขั้วโลกเหนือถึงขั้วโลกใต้ แบ่งโลกนอกอาณาจักรคริสต์ออกเป็น ๒ ซีก
ทั้งนี้ให้ถือว่า ดินแดนใดก็ตามที่ไม่มีกษัตริย์คริสต์อื่นปกครอง ถ้าอยู่ในซีกตะวันตก ให้สเปนมีสิทธิครอบครองได้ทั้งหมด ถ้าอยู่ในซีกตะวันออก ให้โปรตุเกสเข้าครอบครองได้ทั้งหมด แต่กษัตริย์ โปรตุเกสไม่พอพระทัย
ต่อมา ทั้งสองฝ่ายได้มาประชุมกันที่เมืองตอร์เดซิลยาส ใน ค.ศ.1494 ขอขยับเส้นแบ่งออกไปจนตกลงกันได้ทั้งสองฝ่าย และเซ็นสัญญาตอร์เดซิลยาส (Treaty of Tordesillas) ซึ่งสันตะปาปาจูเลียสที่ ๒ (Pope Julius II) ประกาศโองการรับรองใน ค.ศ.1506
ต่อมาใน ค.ศ.1514 สันตะปาปาลีโอที่ ๑๐ (Pope Leo X) ก็ได้ประกาศโองการห้ามมิให้ประเทศอื่นใดเข้ายุ่งเกี่ยวกับดินแดนในครอบครองของโปรตุเกส
แต่เวลานั้น อำนาจของสันตะปาปาเริ่มเสื่อมลงแล้ว ดังที่ยุคปฏิรูปจะเริ่มขึ้นใน ค.ศ.1517 ประเทศมหาอำนาจอื่นในยุโรป โดยเฉพาะที่เป็นโปรเตสแตนต์ก็มิได้ยอมเชื่อฟัง
ต่อมา อังกฤษและฮอลันดาก็ออกล่าอาณานิคมบ้าง พอถึงปลายคริสต์ศตวรรษที่ 16 ก็คุกคามอำนาจของโปรตุเกสมากขึ้น จนในที่สุดโปรตุเกสก็หมดอำนาจไป ประเทศอื่นๆ เช่นฝรั่งเศสก็ออกล่าอาณานิคมกันมากขึ้นด้วย
เมื่อเวลาผ่านไป แม้สเปนจะมีดินแดนอยู่มากในอเมริกาใต้ แต่ประเทศผู้ล่าอาณานิคมที่เด่นและแข่งอำนาจกันมาก ก็คือ อังกฤษ กับฝรั่งเศส และเมื่อถึงช่วงท้ายสุด แม้ว่าสหรัฐอเมริกาจะก้าวเข้ามาสู่วงการล่าอาณานิคมด้วยแล้ว แต่ประเทศที่ทรงอำนาจในลัทธิอาณานิคมมากที่สุด ก็คืออังกฤษ จนหมดยุคอาณานิคมไปไม่ช้าหลังสิ้นสงครามโลกครั้งที่ ๒
ในการล่าอาณานิคม นอกจากวัตถุประสงค์ในด้านการค้าและการเมืองแล้ว ก็พ่วงงานเผยแผ่ศาสนาคริสต์ไปด้วย บาทหลวง หรือมิชชันนารี หรือนักสอนศาสนาคริสต์ (missionary) จึงพัวพันกับงานล่าอาณานิคมมาโดยตลอด
บางทีนักสอนศาสนาคริสต์ก็เข้าไปก่อน และช่วยปูทางให้แก่การตั้งอาณานิคม บางแห่งงานทั้งสองอย่างก็ควบคู่กันไป แต่ก็มีบ้างในบางแห่งที่นักสอนศาสนาช่วยคุ้มครอง ไม่ให้นักล่าอาณานิคมหรือฝรั่งที่ปกครอง ไปข่มเหงรังแกชาวพื้นเมือง
สำหรับในถิ่นที่ต้องเกี่ยวข้องกับศาสนาอิสลาม โดยเฉพาะในอาฟริกา การล่าอาณานิคมของฝรั่ง ก็หมายถึงการต้องเผชิญกับญิฮาด คือสงครามศักดิ์สิทธิ์ (Jihad หรือ holy war) ของฝ่ายมุสลิมด้วย
ประวัติศาสตร์ที่บันทึกไว้ บางแห่งก็ว่า ลัทธิอาณานิคมของฝรั่ง ได้ช่วยคุ้มครองประชาชนไว้มิให้ต้องถูกฝ่ายมุสลิมบังคับด้วยญิฮาดให้ต้องไปถือศาสนาอิสลาม แต่บางแห่งก็ว่า ญิฮาดได้ช่วยให้ชาวมุสลิมต่อสู้ป้องกันลัทธิอาณานิคมของฝรั่ง
ถ้าพูดรวมๆ ก็คงเป็นอย่างที่ฝรั่งเขียนไว้ (“Roman Catholicism,” Britannica, 1997) ว่า
เป็นการยากที่คณะนักสอนศาสนาโรมันคาทอลิก จะแยกตนเองออกจากลัทธิอาณานิคม และนักสอนศาสนาจำนวนมากก็ไม่ต้องการจะแยกด้วย