เนปาลเป็นแดนชาติภูมิของพระพุทธเจ้า ดินแดนในอาณาเขตเนปาลเคยเป็นที่ตั้งของสถานที่สําคัญเกี่ยวกับพุทธประวัติ เช่น เมืองกบิลพัสดุ์ เมืองเทวทหะ ตําบลลุมพินี เป็นต้น ความเป็นมาของพระพุทธศาสนาในเนปาลสมัยแรกๆ ยังเลือนลางอยู่ เพิ่งจะปรากฏหลักฐานชัดเจนในสมัยพระเจ้าอโศกมหาราช ในพุทธศตวรรษที่ ๓ ตํานานเล่าว่าพระเจ้าอโศกได้เสด็จมายังเนปาลครั้งแรกเพื่อปราบกบฏตั้งแต่ยังเป็นราชกุมาร ครั้นเสด็จขึ้นครองราชย์แล้ว คราวหนึ่งได้เสด็จมายังลุมพินี (ปัจจุบันเรียก รุมมินเด) เพื่อนมัสการสถานที่ประสูติของพระพุทธเจ้าและได้ทรงประดิษฐานหลักศิลาจารึก ไว้เป็นอนุสรณ์ ณ ที่นั้นด้วย นอกจากนั้น พระราชธิดาองค์หนึ่งของพระเจ้าอโศก พระนามว่า จารุมตี ได้อภิเษกสมรสกับขุนนางเนปาลท่านหนึ่ง ได้สร้างสถูปและวัดไว้หลายแห่ง ยังปรากฏซากอยู่จนทุกวันนี้
ยุคที่ปรากฏเด่นชัดว่า มีการทะนุบํารุงและเผยแพร่พระพุทธศาสนาอย่างจริงจังในเนปาลนั้น นับแต่เริ่มรัชกาลพระเจ้าอังสุวรมัน ในพุทธศตวรรษที่ ๑๒ กษัตริย์พระองค์นี้ได้พระราชทานพระราชธิดาให้อภิเษกสมรสกับ พระเจ้าสรองสันคัมโป แห่งทิเบต ทําให้พระพุทธศาสนาเริ่มเผยแพร่ในทิเบต และปรากฏว่ามีบัณฑิตชาวเนปาลร่วมงานแปลพระคัมภีร์ภาษาสันสกฤตเป็นภาษาทิเบตในราชสํานักทิเบตด้วย ต่อมาในสมัย พระศานตรักษิต (พุทธศตวรรษที่ ๑๔) ความสัมพันธ์ทางศาสนาและวัฒนธรรมระหว่าง ๒ ประเทศนี้ ก็มั่นคงแน่นแฟ้นยิ่งขึ้น
ครั้นต่อมา ถึงสมัยที่ชาวมุสลิมเข้ารุกรานแคว้นพิหารและเบงกอล พระภิกษุต้องหลบลี้หนีภัยเข้าไปอาศัยอยู่ในเนปาล ได้นําคัมภีร์มีค่าไปด้วยมากมาย คัมภีร์บางส่วนได้ถูกพาไปจนถึงทิเบต และได้รับการเก็บรักษาไว้อย่างดีจนถึงทุกวันนี้ ประวัติศาสตร์ในช่วงกลางระหว่างสองตอนนี้ยังไม่มีผู้ศึกษากันโดยละเอียดชัดเจน แต่กล่าวทั่วๆ ไปได้ว่า ความสัมพันธ์ระหว่างเนปาลกับทิเบตใกล้ชิดแน่นแฟ้นยิ่งขึ้น และเนปาลได้เป็นสะพานเชื่อมประสานวัฒนธรรมระหว่างดินแดนต่างๆ ที่อยู่สองฟากข้างภูเขาเทือกกลางของหิมาลัย เป็นเวลาหลายศตวรรษ ดังจะเห็นได้จากทางคมนาคมเชื่อมระหว่างอินเดียกับทิเบตผ่านเนปาล ที่มีมาแต่เดิม เป็นต้น
เมื่อมหาวิทยาลัย นาลันทา ถูกทําลายพินาศ และพระพุทธศาสนาเสื่อมสูญไปจากอินเดียแล้ว พระพุทธศาสนาในเนปาลก็เสื่อมลงด้วย คุณลักษณะพิเศษที่เป็นเครื่องหมายจําเพาะของพระพุทธศาสนา เช่น ชีวิตพระสงฆ์ในวัดวาอาราม การต่อต้านความถือวรรณะ การปลดเปลื้องความเชื่อถือไสยศาสตร์ต่างๆ เป็นต้น ก็เลือนจางหายไป ทําให้ขาดลักษณะเด่นที่ทําให้แตกต่างจากศาสนาอื่นๆ เนปาลได้กลายเป็นศูนย์กลางของพระพุทธศาสนาแบบ ตันตระ และได้มีนิกายพุทธปรัชญาสํานักใหญ่ๆ เกิดขึ้น ๔ นิกาย คือ สวาภาวิกะ ไอศวริกะ การมิกะ และ ยาตริกะ แต่ละนิกายแตกนิกายย่อยออกไปอีกหลายสาขา นิกายต่างๆ เหล่านี้ แสดงให้เห็นความผสมผสานเข้าด้วยกันของสายความคิดทางปรัชญาหลายแบบหลายแนว เท่าที่มีเกิดขึ้นในอินเดียและทิเบต ด้วยอิทธิพลของศาสนาฮินดูและพระพุทธศาสนา
เมื่อไม่นานมานี้ได้มีการฟื้นฟูการศึกษาพระพุทธศาสนาแบบเถรวาทขึ้นในเนปาล สมาคมแห่งหนึ่งชื่อ ธรรโมทัยสภา ได้อุปถัมภ์ให้พระภิกษุจากลังกา หรือพระภิกษุเนปาลที่ได้รับการศึกษาอบรมในลังกา ไปทํางานเผยแผ่อย่างจริงจัง และได้พิมพ์คําแปลพระสูตรจากภาษาบาลีเป็นภาษาถิ่นออกเผยแพร่หลายสูตร.