ดินแดนอันเป็นที่ตั้งของสาธารณรัฐประชาชนกัมพูชา หรือที่เรียกกันสามัญว่าประเทศเขมรในบัดนี้ เมื่อหลายพันปีมาแล้ว ได้เป็นส่วนหนึ่งแห่งถิ่นฐานที่ชนชาติมอญ-เขมรอาศัยอยู่ ชนชาติมอญ-เขมรนั้น นักประวัติศาสตร์สันนิษฐานว่า อพยพมาจากอินเดีย ผ่านเข้ามาทางทิศตะวันตกเฉียงเหนือของคาบสมุทรอินโดจีน หรือมาจากทิศตะวันออกของคาบสมุทรอินโดจีนอย่างใดอย่างหนึ่ง แล้วได้กระจายกันอยู่ทั่วๆ ไป ผสมพันธุ์กับชนเจ้าถิ่นในที่นั้น และต่อมาได้มีอํานาจครอบครองดินแดนในคาบสมุทรอินโดจีนทั้งหมด เมื่อมีชนพวกอื่นอพยพเข้ามาในดินแดนนี้อีก ชนชาติมอญ-เขมรก็ผสมผสานกับชนเหล่านั้น ทั้งในทางชาติพันธุ์และวัฒนธรรมอารยธรรม มีความเจริญเพิ่มขึ้นโดยลําดับ ต่อมาเมื่อประมาณสองพันปีล่วงแล้ว ได้มีนักแสวงโชคและพ่อค้าชาวชมพูทวีปเดินทางมาหาโชคลาภและค้าขายในดินแดนแถบนี้ ชาวอินเดียเหล่านี้ได้นําเอาวัฒนธรรมของตนมาเผยแผ่ พร้อมทั้งได้แต่งงานกับชนเจ้าถิ่นด้วย ทําให้เกิดความเปลี่ยนแปลงในทางประวัติศาสตร์ซึ่งนับว่าเป็นความเจริญขึ้นอีกขั้นหนึ่ง
ในช่วงเวลาใกล้กันนี้ พระเจ้าอโศกมหาราช ได้ทรงส่งศาสนทูตมี พระโสณะ และ พระอุตตระ เป็นหัวหน้า มาเผยแผ่พระพุทธศาสนาในสุวรรณภูมิ เมื่อกาลเวลาผ่านไปพระพุทธศาสนาแบบเถรวาท ก็คงแพร่หลายไปในหมู่ประชาชนโดยลําดับ คู่ขนานไปกับความเจริญของฝ่ายบ้านเมืองที่เกิดจากการผสมผสานในทางการติดต่อค้าขาย และวัฒนธรรมอารยธรรมความเจริญทางฝ่ายบ้านเมืองที่ว่านั้นก็คือ การเกิดเป็นอาณาจักรใหญ่ๆ ขึ้น ซึ่งมีผลสืบเนื่องมาจนถึงปัจจุบัน
สําหรับดินแดนที่เป็นประเทศกัมพูชา ในบัดนี้ ก็ได้มีประวัติสืบเนื่องมาตามลําดับสมัย ซึ่งจัดได้เป็น ๔ ยุค คือ ยุคฟูนัน ยุคเจนละ ยุคมหานคร และยุคหลังมหานคร จะบรรยายเฉพาะเหตุการณ์สําคัญและเหตุการณ์ที่เกี่ยวข้องกับพระพุทธศาสนาดังต่อไปนี้
“ฟูนัน” หรือ “ฟูนาน” เป็นคําจีน เรียกกันอย่างนี้เพราะทราบเรื่องราวจากหลักฐานฝ่ายจีน ปราชญ์สันนิษฐานว่า ฟูนัน เพี้ยนไปจากคําเขมรว่า “พนม” ซึ่งแปลว่า ภูเขา ตํานานเล่าว่า พราหมณ์ชาวชมพูทวีปชื่อ เกาณฑินยะ (รูปสันสกฤต; ตรงกับบาลีว่า โกณฑัญญะ) ได้มาสมรสกับราชินีหรือสตรีหัวหน้าเผ่าชนแห่งท้องถิ่นนี้ (ศิลาจารึกว่าสมสู่กับนางนาค ชื่อ โสมา ผู้เป็นธิดาของพญานาค) และได้เป็นต้นวงศ์กษัตริย์แห่งฟูนัน อาณาจักรฟูนันตั้งราชธานีที่เมืองวยาธปุระ และแผ่อํานาจออกไปอย่างกว้างขวาง มีอาณาเขตครอบคลุมภาคใต้ของประเทศกัมพูชาปัจจุบันและแคว้นโคชินจีน (ได้แก่ ดินแดนส่วนล่างสุด ประมาณ ๑ ใน ๔ ของเวียดนามใต้ มีเมืองไซ่ง่อนเป็นศูนย์กลาง) ทั้งหมด และปกครองเมืองขึ้นชื่ออาณาจักรเจนละ ซึ่งมีอาณาเขตต่อฟูนันขึ้นไปทางเหนือ ตรงกับกัมพูชาภาคเหนือและลาวภาคใต้ในปัจจุบัน อาณาจักรที่เจริญร่วมสมัยกับฟูนัน คือ อาณาจักรจัมปาของพวกจาม ซึ่งตั้งอยู่ทางตะวันออกและทางเหนือของ ฟูนัน (ตรงกับภาคเหนือของเวียดนามใต้ในปัจจุบัน)
เดิมชนพื้นเมืองของฟูนันเป็นชนชาติมลายู นับถือโลกธาตุและผีสางเทวดา เมื่อพระพุทธศาสนาเข้าสู่สุวรรณภูมิแล้ว ก็คงเผยแผ่ไปในหมู่ประชาชนชาวฟูนันกว้างออกไปตามลําดับ แต่ในราชสํานักและชนชั้นสูงปรากฏว่านับถือศาสนาฮินดูนิกายไศวะ (นับถือพระอิศวร) เป็นหลัก และอาจจะนับถือพุทธศาสนาปะปนอยู่ด้วย ชาวอินเดียได้นําแบบแผนการปกครอง ศิลปะ การช่าง และวิทยาการต่างๆ เข้ามาสร้างความเจริญแก่ฟูนัน ทําให้ฟูนันมีอารยธรรมคล้ายคลึงกับอินเดียในสมัยนั้น
ในตอนปลายยุค ดูเหมือนว่าพระมหากษัตริย์จะหันมานับถือพุทธศาสนามากขึ้น ดังเอกสารฝ่ายจีนในราชวงศ์ชี้ทางภาคใต้ (พ.ศต. ๑๑) ว่า กษัตริย์ฟูนัน พระนามเกาณฑินยะชัยวรมัน (เกาจินจูเชเยปาโม สวรรคต พ.ศ. ๑๐๕๗) เมื่อก่อนนี้ทรงนับถือศาสนาพราหมณ์ ต่อมาทรงนับถือพุทธศาสนา และในรัชกาลนี้มีพระภิกษุอินเดียรูปหนึ่งชื่อ นาคเสน (นาคาเสียง) เดินทางไปยังประเทศจีน ได้แวะที่ฟูนันก่อน และได้ทูลพระเจ้ากรุงจีนว่า ประเทศฟูนันนับถือศาสนาฮินดูนิกายไศวะ (เคารพพระอิศวร) แต่พุทธศาสนาก็เจริญรุ่งเรือง มีภิกษุสามเณรมาก ที่สําคัญกว่านั้นก็คือในรัชกาลเดียวกันนี้ได้มีพระภิกษุชาวฟูนันรูปหนึ่ง สร้างเกียรติให้แก่ฟูนันไว้ในประวัติศาสตร์พระพุทธศาสนาระหว่างประเทศ กล่าวคือพระภิกษุชาวฟูนันชื่อ สังฆปาละ (เรียกในตํานานว่า พระติปิฏกะ สังฆปาละ แห่งฟูนัน, เรียกตามสําเนียงจีนว่า เสงโปโล, เรียกเป็นภาษาจีนสําเนียงญี่ปุ่นว่า โซโย หรือโซกุย) (เกิดราว พ.ศ. ๑๐๐๒ มรณภาพ พ.ศ. ๑๐๖๗) เป็นผู้เชี่ยวชาญในพระอภิธรรม ได้เดินทางไปยังกวางตุ้ง และได้ศึกษาเพิ่มเติมจากพระภิกษุอินเดียชื่อคุณภัทร มีความรู้แตกฉานในธรรมวินัยและภาษาต่างๆ พร้อมทั้งมีจริยาวัตรอันงาม เป็นที่เลื่อมใสของพระเจ้าจักรพรรดิบู่ตี่ (ครองราชย์ พ.ศ. ๑๐๔๖ - ๑๐๙๒) ทรงถวายสถานที่ ๕ แห่งให้เป็นที่พํานัก และทรงอาราธนาให้ท่านแปลคัมภีร์พุทธศาสนาจํานวนมากเป็นภาษาจีน ผลงานแปลของท่านสละสลวยและถูกต้องดี ในบรรดางานแปลเหล่านี้ มีคัมภีร์สําคัญที่ได้รับความสนใจจากนักปราชญ์ภาษาบาลีเป็นอันมาก คือ คัมภีร์ “วิมุตติมรรค” (รจนาโดยพระอุปติสสเถระ มีเนื้อความคล้ายกันมากกับคัมภีร์วิสุทธิมรรค แต่เป็นคัมภีร์ที่แต่งก่อนและย่อกว่า บัดนี้มีฉบับแปลเป็นภาษาอังกฤษแล้ว) ตํานานเล่าต่อไปว่า ท่านได้รับเกียรติจากพระเจ้าจักรพรรดิบู่ตี่ให้เป็นผู้อนุศาสน์ธรรมในราชสํานัก ท่านได้เปลี่ยนแปลงธรรมเนียมประเพณีของประชาชนหลายอย่าง ท่านเป็นอยู่ง่ายๆ ไม่สะสม และได้นําปัจจัยที่ผู้ศรัทธาถวายไปสร้างวัดชื่อ “อารัทธวิริยาราม” ท่านถึงมรณภาพเมื่ออายุได้ ๖๕ ปี นอกจากท่านสังฆปาละแล้วยังมีพระเถระชาวฟูนันอีกท่านหนึ่งเดินทางไปเมืองจีนในระยะเวลาใกล้ๆ กัน คือ ท่านมัณฑาระ ซึ่งได้รับอาราธนาให้แปลคัมภีร์บางเล่มร่วมกับท่านสังฆปาละด้วย แต่ท่านผู้นี้ไม่ชํานาญภาษาจีนเพียงพอ ผลงานจึงไม่ดีเด่นและไม่ได้รับยกย่อง
ใน พ.ศ. ๑๐๕๗ พระเจ้ารุทรวรมัน ขึ้นครองราชย์ ทรงมีพระราชศรัทธาในพระพุทธศาสนาอย่างแรงกล้า และได้ทรงประกาศถวายพระองค์เป็นอุบาสก ทรงมีพระเกศธาตุเส้นหนึ่งไว้เป็นที่สักการะบูชา พระเจ้ารุทรวรมันเป็นกษัตริย์องค์สุดท้ายที่ปรากฏนามของฟูนัน ในระยะเวลานี้อาณาจักรเจนละซึ่งเป็นเมืองขึ้นของฟูนัน ได้มีอํานาจมากขึ้น ตั้งตัวเป็นอิสระ และต่อมาใน พ.ศ. ๑๑๗๐ ก็ได้ยกทัพมาโจมตีรวมฟูนันเข้าเป็นส่วนหนึ่งแห่งอาณาจักรเจนละ
ปราชญ์บางท่านให้ความเห็นว่า หลักฐานต่างๆ เท่าที่มี แสดงว่าพระพุทธศาสนาที่นับถือในยุคฟูนันเป็นแบบเถรวาท เช่น ศิลาจารึกต่างๆ มีข้อความเป็นแบบเถรวาท คัมภีร์วิมุตติมรรคที่พระสังฆปาละแปลก็เป็นของฝ่ายเถรวาท และเวลานั้นพุทธศาสนาฝ่ายมหายานยังไม่มาสู่ฟูนัน หากความเห็นนี้ถูกต้อง ก็คงจะต้องสรุปความเป็นมาของพระพุทธศาสนาในฟูนันว่า เบื้องแรก พระพุทธศาสนาแบบเถรวาทเจริญแพร่หลายอยู่ก่อน ต่อมา ศาสนาฮินดูนิกายไศวะได้แผ่เข้ามาทางชนชั้นปกครองที่เป็นเชื้อสายอินเดียและชาวอินเดียที่มาติดต่อเกี่ยวข้องกับชนชั้นปกครอง ทําให้ศาสนาฮินดูเฟื่องฟูมากในราชสํานักตลอดระยะแรกๆ ต่อมาเมื่อความตื่นตัวจางลงแล้ว จึงได้หันมาสนใจกับพระพุทธศาสนาที่เป็นของมีอยู่แต่เดิม ศาสนาฮินดูกับพระพุทธศาสนาก็ได้เจริญรุ่งเรืองอยู่คู่เคียงกันตลอดมาจนสิ้นยุค
อาณาจักรเจนละ ตั้งอยู่ถัดอาณาจักรฟูนันขึ้นไปทางเหนือ และอยู่ทางทิศตะวันตกเฉียงใต้ของอาณาจักรจัมปา ตรงกับภาคใต้ของลาวและภาคเหนือของกัมพูชาในปัจจุบัน มีศิลาจารึกบอกความไว้ว่า วงศ์กษัตริย์ของเจนละสืบเชื้อสายมาจากฤาษีกัมพูสวยัมภูวะ สมสู่กับเทพธิดาเมรา จึงได้ชื่อว่า “กัมพูชา” (กัมพู + ช = ผู้เกิดจากกัมพู) และจึงถือว่ายุคของกัมพูชาหรือเขมรเริ่มต้น แท้จริงในสมัยของเจนละ เจนละเป็นเมืองขึ้นของฟูนันมาก่อน จนถึงกลางพุทธศตวรรษที่ ๑๑ จึงมีกําลังเข้มแข็งขึ้น เริ่มตั้งตัวเป็นอิสระด้วยการเลิกถวายเครื่องราชบรรณาการแก่กษัตริย์ฟูนัน และในที่สุดได้รบชนะพวกฟูนันที่ยกทัพมาปราบ ณ นครจัมปาศักดิ์ จึงถือเป็นการเริ่มต้นยุคอาณาจักรเจนละ
พระเจ้าภววรมันขึ้นครองราชย์เป็นปฐมกษัตริย์ในราว พ.ศ. ๑๐๙๓ กษัตริย์เจนละในระยะต้นนี้คงจะนับถือศาสนาฮินดูนิกายไศวะเป็นหลัก เพราะปรากฏว่าพระเจ้าภววรมันได้ทรงสร้างเทวาลัยอุทิศพระศิวภัทเรศวร และประดิษฐานศิวลึงค์องค์หนึ่งในตอนปลายรัชกาล และกษัตริย์พระองค์ที่ ๒ (พระเจ้ามเหนทรวรมัน นามเดิมว่าเจ้าชายจิตรเสน) เมื่อพิชิตศึกฟูนันสําเร็จอีก ก็ได้ทรงประดิษฐานศิวลึงค์ถวายแด่พระอิศวรเป็นการฉลองชัยชนะ กษัตริย์พระองค์ที่ ๓ ของเจนละพระนามว่า อีศานวรมันที่ ๑ ทรงมีอํานาจเข้มแข็งมาก ได้ทรงปราบอาณาจักรฟูนันรวมเข้าเป็นดินแดนในอาณาจักรเจนละโดยสิ้นเชิงใน พ.ศ. ๑๑๗๐ และขยายอาณาเขตออกไปแทบทุกทิศ โดยเฉพาะทางด้านตะวันตกแผ่มาถึงจังหวัดจันทบุรีปัจจุบัน บางตํารากล่าวว่า ศาสนาฮินดู ลัทธิหริหระเกิดขึ้นในรัชกาลนี้ และได้มีการเบียดเบียนพระพุทธศาสนาอย่างมากมายจนแทบจะสูญสิ้น
ต่อมาในตอนต้นพุทธศตวรรษที่ ๑๓ มีกษัตริย์ผู้เข้มแข็งอีกพระองค์หนึ่งพระนามว่า ชัยวรมันที่ ๑ (ครองราชย์ประมาณ พ.ศ. ๑๑๙๓ - ๑๒๕๖) ทรงขยายอาณาเขตไปจนจดอาณาจักรน่านเจ้า ในรัชกาลนี้มีหลักฐานแสดงว่าพระพุทธศาสนายังเจริญรุ่งเรืองอยู่ (หรืออาจกลับเจริญขึ้นมาอีก) คือ มีศิลาจารึกที่วัดไพรเวียร ใกล้เมืองวยาธปุระ เมื่อ พ.ศ. ๑๒๐๗ กล่าวถึงกษัตริย์สององค์พี่น้องนามว่า รัตนภานุ และ รัตนสิงหะ ได้ทรงผนวช พระเจ้าชัยวรมันที่ ๑ ได้ทรงมีพระบัญชาให้สร้างวัดถวายและให้รักษาวัดนั้นให้ยั่งยืน เรื่องนี้ชาวบ้านยังเล่าสืบๆ กันมา และถือเป็นประเพณีที่จะปฏิบัติตามพระราชบัญชาให้รักษาวัดนั้น
อนึ่ง หลวงจีนอี้จิง ซึ่งได้จาริกไปอินเดียและเดินทางผ่านทะเลใต้ (ออกจาริกจนกลับถึงจีน พ.ศ. ๑๒๑๔ - ๑๒๓๘) ได้เขียนบันทึกไว้ว่า ในประเทศฟูนัน (ตอนนี้เท่ากับพูดว่าเจนละนั่นเอง) พุทธศาสนารุ่งเรืองมาก มีวัดทั่วไปทุกแห่ง มีสถานที่ศักดิ์สิทธิ์ของพราหมณ์อยู่ใกล้กันกับวัดพุทธศาสนา ทั้งสองศาสนาอยู่ร่วมกันอย่างสงบสุข ประชาชนทั่วไปนิยมบวชในพุทธศาสนา แม้พวกเจ้านายก็บวชเช่นเดียวกัน
ต่อมาหลังรัชกาลพระเจ้าชัยวรมันไม่นาน อาณาจักรเจนละก็แตกแยกออกเป็น ๒ ส่วน กลายเป็นเจนละบกหรือเจนละเหนือฝ่ายหนึ่ง กับเจนละน้ำหรือเจนละใต้อีกฝ่ายหนึ่ง ในตอนปลายยุค เจนละน้ำจะตกอยู่ใต้อิทธิพลของชวา หลังจากแยกกันออกมาประมาณ ๑ ศตวรรษ ยุคเจนละก็สิ้นสุดลงด้วยสาเหตุขัดแย้งกับอาณาจักรชวา กล่าวคือในตอนกลางพุทธศตวรรษที่ ๑๔ กษัตริย์ราชวงศ์ไศเลนทรแห่งชวา ได้ยกทัพเรือมาตีเจนละ จับพระเจ้ามหิปติวรมัน แห่งเจนละน้ำตัดพระเศียร ส่วนพระเจ้าชัยวรมันที่ ๒ ซึ่งขึ้นครองราชย์สืบต่อมา ก็ได้ย้ายเมืองหลวงไปตั้งอาณาจักรใหม่ที่อื่น ยุคเจนละจึงสิ้นสุดลง
มีผู้ตั้งข้อสังเกตว่า ตามหลักฐานในทางโบราณคดี มีรูปพระโพธิสัตว์ต่างๆ เป็นต้น แสดงว่าพระพุทธศาสนาฝ่ายมหายานคงจะเผยแผ่เข้ามาในแถบอาเซียตะวันออกเฉียงใต้ในระยะใกล้ พ.ศต. ๑๔ นี้เอง โดยอิทธิพลจากอาณาจักรศรีวิชัย และเมื่อเข้ามาแล้วก็ได้แพร่หลายไปอย่างรวดเร็ว เพราะมีลักษณะคล้ายกับศาสนาพราหมณ์ และเพราะได้รับการสนับสนุนส่งเสริมจากพระมหากษัตริย์ ดังจะเห็นได้ในยุคต่อไป นอกจากนั้น แม้พุทธศาสนาลัทธิตันตระก็ได้ติดตามเข้ามาอีกในเวลาหลังจากนั้นไม่นาน และได้เป็นที่มาแหล่งหนึ่งแห่งประเพณีของประเทศ แต่ไม่สู้มีอิทธิพลกว้างขวางมากนัก
ยุคพระนคร หมายถึงยุคที่นครวัด นครธม (ตั้งอยู่ใกล้ทะเลสาบและอยู่ทางเหนือของเมืองเสียมราฐหรือเสียมราบ) เป็นเมืองหลวงของกัมพูชา เป็นยุคที่อารยธรรมขอมเจริญรุ่งเรืองถึงขีดสุด เป็นมหาอาณาจักรยิ่งใหญ่ มีศิลปะโดยเฉพาะสถาปัตยกรรมที่เป็นแบบฉบับ
ในยุคนี้ พุทธศาสนาฝ่ายมหายานเจริญรุ่งเรืองคู่เคียงกับศาสนาฮินดูและผสมผสานเข้าด้วยกัน ปราสาทราชฐานต่างๆ ล้วนสร้างอุทิศถวายในพุทธศาสนามหายานและศาสนาฮินดู ข้อความในศิลาจารึกที่พบก็แสดงถึงอิทธิพลคําสอนของมหายานอย่างชัดเจน และมีคติฝ่ายฮินดูแฝงอยู่ด้วย ส่วนพุทธศาสนาฝ่ายเถรวาทคงเป็นที่นับถืออยู่ในหมู่ประชาชนทั่วไป แต่ไม่ได้รับความเชิดชูจากราชสํานัก อาจพูดสั้นๆ ว่า พุทธศาสนาเถรวาทอยู่กับประชาชน พุทธศาสนามหายานและฮินดูอยู่กับราชสํานัก แต่ทั้งสามลัทธิศาสนาอยู่ร่วมกันโดยสงบสุข
ยุคพระนครเริ่มต้นเมื่อหลังจากที่กษัตริย์ชวายกทัพมาโจมตีเจนละ จับพระเจ้ามหิปติวรมันตัดเศียรแล้ว เจ้าชายเขมรซึ่งได้เสด็จไปประทับอยู่ในชวา จะด้วยถูกนําตัวไปอ่อนน้อมหรือด้วยเหตุอื่นใดก็ตาม ต่อมาก็ได้เสด็จกลับมาขึ้นครองราชย์ใน พ.ศ. ๑๓๔๕ เป็นพระเจ้าชัยวรมันที่ ๒ ทรงย้ายเมืองหลวงไปตั้งใกล้กับบริเวณที่ต่อมาเป็นนครวัด ประกาศเป็นอิสระจากชวา ปราบปรามรวมเจนละ ๒ ภาคเข้าด้วยกัน ทรงนับถือศาสนาฮินดูลัทธิหริหระ คือ นับถือพระนารายณ์กับพระอิศวรรวมกัน และทรงเริ่มตั้งลัทธิ “เทวราช" (คงจะปรุงแต่งจากแนวความคิดที่ได้มาจากชวา) ประกอบพิธีบูชาอันประกาศถึงการที่ทรงได้รับมอบพระราชอํานาจจากองค์พระผู้เป็นเจ้า โดยมีศิวลึงค์เป็นสัญลักษณ์ที่เคารพบูชา ทําให้เกิดเป็นธรรมเนียมของกษัตริย์เขมรโบราณปฏิบัติสืบต่อกันมา
นอกจากนั้น ปราชญ์บางท่านกล่าวว่า ในยุคนี้มีสาเหตุอย่างหนึ่งที่ทําให้พุทธศาสนาฝ่ายมหายานกับศาสนาฮินดูผสมผสานกันแน่นแฟ้น คือ การที่ได้เกิดมีธรรมเนียมถือศาสนาคนละอย่างเป็นคู่สลับกันระหว่างพระราชากับปุโรหิต กล่าวคือ ถ้าราชาถือพราหมณ์ ปุโรหิตถือพุทธ ถ้าราชาถือพุทธ ปุโรหิตถือพราหมณ์ เป็นประเพณีสืบต่อกันมาหลายร้อยปี
อย่างไรก็ดี ธรรมเนียมข้อนี้ยังไม่พบหลักฐานยืนยันเพียงพอ แต่ที่น่าจะมีหลักฐานชัดเจนมากกว่าก็คือลัทธิเทวราชได้เกิดขึ้นพร้อมกับการตั้งต้นตําแหน่งพราหมณ์ผู้เป็นเจ้าพิธีประจําราชสํานัก (ทํานองพระราชครู) ซึ่งสืบทอดฐานะตามสายตระกูล อันได้แก่ตระกูล “ศิวไกวัลย์” ศิวไกวัลย์ คือ พราหมณ์ที่พระเจ้าชัยวรมันที่ ๒ ทรงตั้งให้เป็นเจ้าพิธีประจําลัทธิเทวราชคนแรก พราหมณ์ตําแหน่งนี้มีหน้าที่ประกอบพิธีบูชาเทวราช และประกอบพระราชพิธีราชาภิเษก เป็นต้น
ในสมัยต่อมาปรากฏว่าพวกตระกูลศิวไกวัลย์นี้มีทรัพย์สมบัติอํานาจเกียรติยศ และอิทธิพลอย่างมากมาย สามารถสร้างเมือง หรือนัยหนึ่งนิคมศาสนาของตนเอง และสามารถเกณฑ์แรงงานประชาชนได้ด้วย นับว่ามีความยิ่งใหญ่มาก จะเป็นรองก็แต่องค์มหากษัตริย์เองเท่านั้น ความรุ่งเรืองของศาสนาฮินดูในรูปนี้มองได้ว่าเป็นการผูกขาดแบบหนึ่ง และในเวลาเดียวกันก็มีผลเสียเป็นเครื่องแบ่งแยกศาสนาฮินดูจากประชาชนและจํากัดตัวเองให้แคบ
ศิวลึงค์ที่เป็นสัญลักษณ์ของลัทธิเทวราชนั้น ประดิษฐานอยู่ในเทวาลัยซึ่งสร้างขึ้นบนยอดภูเขากลางพระนคร เป็นสัญลักษณ์แทนพระองค์พระเป็นเจ้า ซึ่งสถิตอยู่บนภูเขาพระสุเมรุอันเป็นศูนย์กลางของจักรวาล และมหากษัตริย์ก็คือพระเป็นเจ้าที่ทรงสําแดงพระองค์ในโลกนี้ มหากษัตริย์จึงเป็นทั้งราชาและเทพเจ้าในคราวเดียวกัน เมื่อยังทรงพระชนม์อยู่ ก็ประทับในปราสาทไม้ แต่เมื่อสวรรคตแล้วพระสรีรศพจะถูกนําไปประดิษฐานในปราสาทที่เป็นเทวาลัย เท่ากับว่าได้ทรงบรรลุสภาวะเดิมเป็นอันหนึ่งอันเดียวกับองค์พระเป็นเจ้า
ต่อมาเมื่อมีการสร้างนครวัดและนครธมขึ้น แผนผังเมืองก็ยิ่งมีรูปร่างเป็นแบบจําลองภาพศูนย์กลางจักรวาลโดยสมบูรณ์ยิ่งขึ้น คือมีเทวาลัยที่ประดิษฐานศิวลึงค์เป็นศูนย์กลาง สร้างขึ้นบนฐานสูงใหญ่ที่ก่อลดหลั่นเป็นชั้นเชิงเรียวสอบขึ้นไปอย่างรูปปิระมิด (ให้มีความหมายเท่ากับตั้งอยู่บนภูเขา) ส่วนด้านนอกก็มีคูเมืองกว้างใหญ่ล้อมรอบเสมือนทะเลรอบเขาพระสุเมรุ และมีกําแพงใหญ่รอบเมืองเสมือนเป็นเทือกเขาใหญ่รายล้อมขุนเขานั้น ถ้ากษัตริย์ผู้สร้างนับถือพระวิษณุ ก็ประดิษฐานรูปพระวิษณุแทนศิวลึงค์ ถ้านับถือพุทธศาสนาฝ่ายมหายานก็ประดิษฐานพระพุทธรูปและรูปพระโพธิสัตว์โลเกศวร (ได้แก่ พระอวโลกิเตศวร นั่นเอง) แทน และรูปพระพักตร์ของพระเป็นเจ้าก็ดี พระพุทธเจ้าก็ดี พระโพธิสัตว์ก็ดี ย่อมเหมือนกับพระพักตร์ของกษัตริย์ผู้สร้างนั้นด้วย เพราะพระเป็นเจ้าหรือพระโพธิสัตว์ ก็คือกษัตริย์องค์นั้นนั่นเอง
ในระยะสองศตวรรษแรกแห่งยุคพระนคร กษัตริย์เขมรแม้จะทรงคุ้มครองส่งเสริมลัทธิศาสนาทั้งสาม คือ ศาสนาฮินดูนิกายไศวะ นิกายไวษณพ และพระพุทธศาสนาฝ่ายมหายาน แต่ก็ทรงยึดมั่นหนักแน่นในลัทธิไศวะ หลักฐานที่แสดงถึงการส่งเสริมพระพุทธศาสนาในระหว่างนั้นก็มีอยู่หลายอย่าง เช่น พระเจ้ายโศวรมัน ที่ ๑ (พ.ศ. ๑๔๓๒ - ๑๔๕๑) ทรงสร้าง “เสาคตาศรม” ไว้ในพระพุทธศาสนา เป็นคู่กับพราหมณาศรมสําหรับฝ่ายพราหมณ์ พระสงฆ์ที่เชี่ยวชาญในพระพุทธศาสนาก็ได้รับความยกย่อง แม้ว่าจะได้เกียรติเป็นรองอาจารย์ในศาสนาพราหมณ์อยู่บ้าง
ต่อมาในรัชกาลพระเจ้าชัยวรมันที่ ๕ (พ.ศ. ๑๕๑๑ - ๑๕๔๔) ปุโรหิตชื่อกีรติบัณฑิตซึ่งเคยนับถือไศวะมาก่อน ได้หันมานับถือพุทธศาสนา และได้พยายามส่งเสริมสนับสนุนพระพุทธศาสนาอย่างแข็งขัน ท่านได้นําเอาคัมภีร์พุทธศาสนาเข้ามาจากต่างประเทศเป็นอันมาก ในวันสําคัญๆ ท่านจะนําพระพุทธรูปมาสรงน้ำเป็นพิธีใหญ่โต ครั้นถึงรัชกาลพระเจ้าสุริยวรมันที่ ๑ (พ.ศ. ๑๕๔๕ - ๑๕๙๓) กระแสศรัทธาก็เปลี่ยนมาเดินข้างพระพุทธศาสนา พระเจ้าสุริยวรมันที่ ๑ เป็นโอรสของพระเจ้าศรีธรรมราช กษัตริย์แห่งตามพรลิงคะ ซึ่งมีเมืองหลวงอยู่ ณ บริเวณเมืองนครศรีธรรมราชหรือไชยา และเป็นศูนย์กลางแห่งหนึ่งของพระพุทธศาสนา พระองค์มีเชื้อสายราชวงศ์กัมพูชาโดยทางพระราชมารดาซึ่งเป็นเจ้าหญิงเขมร ทรงมีพระราชศรัทธาแรงกล้าในพระพุทธศาสนาฝ่ายมหายาน จึงทรงหันมาสนับสนุนพระพุทธศาสนานิกายนี้มากขึ้น
ในรัชกาลนี้ อาณาจักรเขมรแผ่ขยายอาณาเขตจากจันทบุรีออกไปทางตะวันตกตลอดลุ่มแม่น้ำเจ้าพระยาจดประเทศพม่า ทําให้อาณาจักรทวาราวดี ศูนย์กลางพุทธศาสนาฝ่ายเถรวาท ซึ่งได้เคยอยู่ในอํานาจของอาณาจักรฟูนัน และได้รับเอกราชเมื่ออาณาจักรฟูนันสลาย (กลาง พ.ศต. ๑๑) ต้องกลับสิ้นอิสรภาพอีกครั้งหนึ่ง (มีศิลาจารึกที่นักประวัติศาสตร์ไม่ค่อยเชื่อถือกล่าวว่า ทวาราวดีตกเป็นของอาณาจักรเขมรตั้งแต่รัชกาลพระเจ้ายโศวรมันที่ ๑ เมื่อกลาง พ.ศต. ๑๕) และใต้ลงไปก็ได้อาณาจักรตามพรลิงคะ ส่วนทางเหนือ ด้านลุ่มแม่น้ำโขง หลักฐานบางแห่งว่า แผ่ไปถึงเมืองเชียงแสน แต่นักประวัติศาสตร์เชื่อกันว่าคงถึงเพียงเมืองหลวงพระบาง ศิลาจารึกใน พ.ศ. ๑๕๖๕ ซึ่งเป็นของในรัชกาลนี้ พบที่เมืองลพบุรีบอกความว่า มีภิกษุสงฆ์ทั้งฝ่ายมหายานและฝ่ายเถรวาทอยู่ร่วมกันอย่างสงบสุข ครั้นสิ้นรัชกาลพระเจ้าสุริยวรมันที่ ๑ แล้ว กษัตริย์องค์ต่อมาซึ่งเป็นโอรสของพระองค์ กลับเป็นปฏิปักษ์ต่อพระพุทธศาสนา กระแสศรัทธาและความอุปถัมภ์บํารุงจึงเบนไปทางศาสนาฮินดูอีก แต่ช่วงต่อมานี้ เขมรวุ่นวายกับความไม่สงบภายในเป็นอันมาก
ทางด้านประเทศพม่า ใน พ.ศ. ๑๕๘๗ พระเจ้าอนุรุทธมหาราชหรืออโนรธามังช่อ ขึ้นครองราชย์เป็นกษัตริย์พุกาม ทรงเรืองอํานาจ ยกทัพลงมาตีเมืองสะเทิมแห่งอาณาจักรมอญได้ใน พ.ศ. ๑๖๐๐ รวมแผ่นดินพม่าเข้าเป็นอันเดียว ทรงรับนับถือพระพุทธศาสนาเถรวาทแบบของมอญแห่งสะเทิม และได้แผ่ขยายอาณาเขตออกมาทางตะวันออก เข้าครอบครองประเทศล้านนา ตลอดลงมาถึงเมืองลพบุรีและทวาราวดี (ความที่ว่านี้เป็นมติของปราชญ์ไทย แต่นักประวัติศาสตร์ฝ่ายตะวันตกกล่าวว่าพระเจ้าสุริยวรมันที่ ๑ ปราบปรามได้ลพบุรีแล้ว แผ่อํานาจตามชนมอญที่อพยพร่นถอยมาจนถึงเขตอาณาจักรมอญเมืองสะเทิมในพม่าจะรุกรานเข้าไปอีก แต่ถูกทัพของพระเจ้าอนุรุทธมหาราชตีแตกล่าทัพกลับมา เขตแดนระหว่างเขมรกับพุกามจึงหยุดอยู่เพียงนั้น คือ ลพบุรีและทวาราวดียังคงเป็นของเขมร หาเป็นของพุกามไม่) อํานาจของพระเจ้าอนุรุทธแผ่ไปถึงที่ใด พุทธศาสนาเถรวาทแบบพุกามก็แผ่ไปถึงที่นั้น
ในระหว่างนี้ ชนเผ่าไทยได้อพยพลงมาจากจีนภาคใต้เข้ามาอยู่ในล้านนาและล้านช้างมากขึ้น แล้วเลื่อนต่อลงมาในลุ่มน้ำเจ้าพระยา เข้าแทรกกลางแยกระหว่างมอญพม่ากับเขมร และตกอยู่ใต้อํานาจของอาณาจักรทั้งสองนั้นตามแต่ถิ่นแดนที่ตนเข้าไปตั้งถิ่นฐาน ส่วนทางด้านตะวันออก ชนเผ่าอันนัมซึ่งรับพระพุทธศาสนาแบบมหายานและวัฒนธรรมต่างๆ จากจีน และได้ตั้งตัวเป็นอิสระจากจีนสําเร็จ สถาปนาอาณาจักรนามเวียด (ต่อมาเป็นเวียดนาม) ขึ้นทางเหนือของอาณาจักรจัมปา เมื่อประมาณ พ.ศ. ๑๔๘๒ ก็กําลังมีอํานาจเข้มแข็งมากขึ้น กําลังเป็นคู่สงครามกับจัมปา อํานาจใหม่ทั้งสองที่กําลังก่อขึ้นทางตะวันตก (ไทย) และทางตะวันออก (เวียดนาม) จะมาเป็นเครื่องบั่นรอนอาณาจักรเขมรลงในกาลต่อไป
ต่อมาลุ พ.ศ. ๑๖๕๖ พระเจ้าสุริยวรมันที่ ๒ ขึ้นครองราชย์ ทรงได้นามว่าเป็นกษัตริย์ผู้มีอํานาจเข้มแข็งที่สุดในประวัติศาสตร์เขมร ที่เป็นเช่นนี้เพราะเวลานั้น ทางด้านการปกครองก็เข้มแข็งด้วยอาศัยระบบเทวราชเป็นเครื่องรวบรวมและควบคุมกําลังไพร่พลได้เต็มที่ ทางด้านเศรษฐกิจบ้านเมืองก็อุดมสมบูรณ์ด้วยระบบชลประทานที่จัดไว้อย่างดี ประกอบกับองค์กษัตริย์เองก็เป็นนักรบที่เกรียงไกรจึงทรงแผ่ขยายอาณาเขตออกไปอย่างกว้างขวางถึงไทยภาคเหนือ ภาคกลางจดพม่า ภาคใต้ถึงอ่าวบ้านดอน (สุราษฎร์ธานี) ทางตะวันออกจดขอบปากแม่น้ำแดงในแคว้นตังเกี๋ย ทรงปราบอาณาจักรจัมปาลงและยึดครองไว้ได้ประมาณ ๔ ปี กษัตริย์องค์นี้ทรงนับถือศาสนาฮินดูหนักไปทางด้านลัทธิไวษณพ และได้ทรงผสมผสานลัทธิไศวะกับไวษณวะเข้าด้วยกันจนกลมกลืนถึงขั้นที่เรียกได้ว่า เกิดเป็นลัทธิวิษณุราชขึ้นแทนลัทธิเทวราช ทรงสร้างนครวัดอันได้ชื่อว่าเป็นศาสนสถานที่ใหญ่ที่สุดในโลก (สิ่งก่อสร้างอื่นที่มีขนาดทัดเทียมคือ ปราสาทบันไทชมาร์ของพระเจ้าชัยวรมันที่ ๗ ณ เชิงเขาดงเร็กในเขมรเอง และมหาเจดีย์ปรมพุทธะ-Borobudur ในชวา) มีวิษณุเทวาลัยที่ประดิษฐานเทวรูปทองคําแห่งพระวิษณุเทพทรงครุฑตั้งอยู่ศูนย์กลาง บริเวณทั้งหมดมีเนื้อที่ถึง ๘๕๐x๑,๐๐๐ เมตร คูล้อมรอบกว้างถึง ๒๐๐ เมตร อย่างไรก็ดี ตอนปลายรัชกาล ทัพที่พระองค์ส่งไปรบตังเกี๋ยประสบความพินาศย่อยยับ งานก่อสร้างอันมโหฬารและนโยบายรบอันบ้าบิ่นของพระองค์ ทําให้อาณาจักรเขมรเมื่อสิ้นรัชกาลของพระองค์แล้ว ต้องจมสู่ห้วงแห่งความทุกข์ยากไปเป็นเวลานาน ส่วนพระองค์เองเมื่อสวรรคตแล้วก็ได้รับเฉลิมพระนามาภิไธยว่าพระบรมวิษณุโลก
อาณาจักรเขมรรุ่งเรืองขึ้นอีกเป็นครั้งสุดท้ายในสมัยของพระเจ้าชัยวรมันที่ ๗ กษัตริย์พระองค์นี้ทรงเป็นพุทธศาสนิกชนในนิกายมหายานที่มีศรัทธาแรงกล้า ทรงมีสิทธิขึ้นครองราชย์สืบแทนพระราชบิดาตั้งแต่ พ.ศ. ๑๗๐๓ แต่อนุชาองค์หนึ่งของพระองค์ขึ้นครองราชบัลลังก์เสียก่อน ในฐานะที่เป็นพุทธศาสนิกชน จึงไม่ทรงประสงค์ให้เกิดสงครามกลางเมืองอันจะให้เกิดความเดือดร้อน จึงทรงหลีกทางให้ และเสด็จลี้ภัยไปอยู่ในอาณาจักรจัมปา ต่อมาใน พ.ศ. ๑๗๒๐ กษัตริย์จามแห่งนครจัมปายกกองทัพเรือเข้าจู่โจมเขมรโดยไม่ทันรู้ตัว ยึดเมืองหลวงได้ ทําลายนครวัดลง กษัตริย์เขมรสวรรคตในระหว่างเกิดเหตุร้าย บ้านเมืองเกิดจลาจลวุ่นวาย เจ้าชัยวรมันจึงเสด็จกลับมา ทรงตีทัพจามแตกพ่ายกลับไป จัดการบ้านเมืองให้เรียบร้อยแล้ว ขึ้นครองราชย์ใน พ.ศ. ๑๗๒๔ เมื่อปราบศึกภายในแล้ว ก็ทรงยกทัพไปปราบอาณาจักรจัมปายึดเอาเป็นเมืองประเทศราช นอกจากนั้น ยังทรงแผ่อาณาเขตออกไปอีกทั้งทางทิศเหนือและทิศอื่นๆ จนอาณาจักรเขมรสมัยนั้นมีเนื้อที่กว้างใหญ่กว่าในสมัยของพระเจ้าสุริยวรมันที่ ๒
ในด้านศาสนาทรงส่งเสริมพระพุทธศาสนาฝ่ายมหายานจนเจริญแพร่หลาย ทําให้การบูชาพระศิวะและพระวิษณุเสื่อมลงไป ทรงตั้งลัทธิพุทธราชขึ้นมาแทนลัทธิเทวราช และได้ทรงสร้างนครธม (แปลว่ามหานคร) ขึ้นเป็นราชธานี โดยมีพุทธวิหารบายนที่ประดิษฐานพระพุทธรูปองค์ใหญ่ (พุทธราช) ตั้งอยู่เป็นศูนย์กลาง ยอดวิหารหรือปราสาทบายนเป็นปรางค์ทอง มีเศียรพระโลเกศวร (ได้แก่พระโพธิสัตว์อวโลกิเตศวร) ๔ พักตร์ กําลังอมยิ้ม หันมองทั้งสี่ทิศเหมือนดังพระพรหม รูปและพักตร์ของพระพุทธเจ้าและพระโพธิสัตว์ก็คือรูปและพักตร์ของพระเจ้าชัยวรมันนั่นเอง เพราะพุทธราชก็คือราชาผู้เป็นพระพุทธเจ้า หรือพระเจ้าชัยวรมันเป็นทั้งพระราชาและพระพุทธเจ้า ทั้งนี้คงเป็นด้วยพระเจ้าชัยวรมันทรงศรัทธาในพระพุทธศาสนาอย่างแรงกล้า จนรู้สึกพระองค์ว่าทรงเป็นพระพุทธเจ้าที่ยังทรงพระชนม์อยู่ ทอดพระเนตรตรวจตราประชาสัตว์ แผ่พระเมตตากรุณาออกไปคุ้มครองตลอดทั่วทุกทิศแห่งผืนแผ่นดิน รอบวิหารบายนนั้นมีเศียรสี่พักตร์เช่นนี้แต่ขนาดเล็กลงมา อยู่บนยอดซุ้มประตูและปรางค์ทั้งหลายที่รายรอบทั้งชั้นในและชั้นนอก รวมประมาณ ๕๐ เศียร คูล้อมเมืองวัดโดยรอบยาวประมาณ ๑๒ กิโลเมตร
นอกจากนครธมและปราสาทบายนนี้แล้ว พระเจ้าชัยวรมันที่ ๗ ยังทรงสร้างวิหารปราสาทอีกหลายแห่ง เช่น ปราสาทตาพรหม (อุทิศราชมารดา จัดให้เป็นวิหารสําหรับอยู่อาศัยและเป็นสถานศึกษาของภิกษุสงฆ์) ปราสาทชัยศรี หรือปราสาทพระขรรค์ (อุทิศเป็นที่ประดิษฐานรูปราชบิดา) เป็นต้น ทรงสร้างพระพุทธรูปเป็นศิริมงคลแก่ราชอาณาจักรเรียกชื่อว่า “พระชัยพุทธมหานาถ” ประดิษฐานไว้ในเมืองต่างๆ ทั่วประเทศ (ในเขตไทยมีที่ลพบุรี สุพรรณบุรี ราชบุรี เพชรบุรี สิงห์บุรี เป็นต้น) และให้แห่อัญเชิญมาทําพิธีสนานพร้อมกันที่ปราสาทพระขรรค์ชัยศรีในเดือน ๙ ทุกปี นอกจากนี้ ทรงสร้างถนนสายใหญ่มากมาย มีถนนไปสู่กรุงจามและสู่เมืองพิมาย เป็นต้น ระหว่างทางก็ทรงสร้างอัคคิศาลาเป็นที่พักคนเดินทาง ๑๒๑ แห่ง โรงพยาบาล ๑๐๒ แห่ง พร้อมด้วยยา พยาบาล ผู้แจกอาหาร สวนบ่อ และสระน้ำ ทรงขยายระบบชลประทานให้กว้างขวางออกไปอีก งานสร้างวัด (วิหาร) และสิ่งสาธารณูปโภคเหล่านี้ สันนิษฐานว่าคงทรงดําเนินตามพระจริยาวัตรของพระเจ้าอโศกมหาราช
มีเหตุการณ์สําคัญอย่างหนึ่งในรัชกาลนี้ที่ช่วยให้เกิดความเปลี่ยนแปลงทางศาสนาในกัมพูชาสมัยต่อๆ มา คือ ตอนต้นของรัชกาลพระเจ้าชัยวรมันที่ ๗ นี้ ตรงกับตอนปลายของรัชกาลพระเจ้าปรากรมพาหุมหาราชแห่งประเทศลังกา เวลานั้นพระพุทธศาสนาแบบเถรวาทในลังกาได้รับการฟื้นฟูและอุปถัมภ์บํารุง เจริญรุ่งเรืองขึ้นทั้งการศึกษาและการปฏิบัติ เป็นที่เลื่องลือทั่วไป มีภิกษุสามเณรจากประเทศต่างๆ ไปศึกษาเล่าเรียนจนกลายเป็นศูนย์กลางใหญ่แห่งพุทธศาสนศึกษา
อยู่มาใน พ.ศ. ๑๗๓๓ พระภิกษุมอญรูปหนึ่งชื่อ ฉปตะ ซึ่งเดินทางจากพม่าติดตามพระมหาเถระมอญท่านหนึ่งไปยังลังกาตั้งแต่ครั้งเป็นสามเณร ได้ศึกษาเล่าเรียนอยู่ ๑๐ ปี และอุปสมบท แล้วเดินทางกลับมายังประเทศพม่า ดําเนินงานอบรมสั่งสอนและให้การอุปสมบทตามแบบที่รับมาจากลังกา ทําให้ชาวพุทธพม่าตื่นตัวในการศึกษาปฏิบัติขึ้นอีกพร้อมกับทําให้พระสงฆ์พม่าแตกแยกนิกายออกไป ในการเดินทางกลับมานั้น พระฉปตะได้นําพระภิกษุชาวต่างชาติร่วมเดินทางมาด้วย ๔ รูป ในจํานวนนี้รูปหนึ่งชื่อ ตามลินทะ เป็นผู้ที่นักประวัติศาสตร์สันนิษฐานว่าเป็นโอรสองค์หนึ่งของพระเจ้าชัยวรมันที่ ๗ พระตามลินทะจะเดินทางไปเผยแผ่พุทธศาสนาในกัมพูชาหรือไม่ก็ตามที แต่พุทธศาสนาเถรวาทแบบลังกาที่เข้ามาใหม่นี้ก็ได้รับความนิยมจากประชาชนแพร่หลายออกไปอย่างรวดเร็ว ทั่วคาบสมุทรอินโดจีนตอนกลาง และรวมถึงอาณาจักรเขมรทั้งหมดด้วยในที่สุด
พระเจ้าชัยวรมันที่ ๗ สวรรคตประมาณ พ.ศ. ๑๗๖๑ และได้รับเฉลิมพระปรมาภิไธยว่า “มหาปรมเสาคต” (เท่ากับ มหาบรมสุคต ซึ่งมาจากพระนามหนึ่งของพระพุทธเจ้า คือ พระสุคต) แต่นั้นมาอาณาจักรเขมรก็อ่อนแอทรุดโทรมลงโดยลําดับ แม้กระเตื้องขึ้นบางคราวก็ไม่กลับคืนสู่ฐานะอันยิ่งใหญ่อีกต่อไปเลย ที่เป็นเช่นนี้เพราะสาเหตุสําคัญ ๒ อย่าง คือ สงครามแผ่อํานาจและการก่อสร้างที่เกินขนาดอันควร ปราชญ์มักกล่าวหากษัตริย์ ๒ พระองค์ คือ พระเจ้าสุริยวรมันที่ ๒ และพระเจ้าชัยวรมันที่ ๗ ว่า ความกระหายอํานาจและความยิ่งใหญ่ของพระองค์ ทําให้ทรงก่อสงครามรุกรานอันใหญ่โต และทําการก่อสร้างที่ฟุ่มเฟือยเกินประมาณ ทั้งสองอย่างนี้ทําให้ต้องเก็บภาษีแพง เกณฑ์แรงงานคนมาก ต้องระดมคนมาไว้ดูแลรักษาและบํารุงบําเรอในปราสาทราชฐาน สิ้นเปลืองทั้งกําลังคน กําลังทรัพย์ ประชาชนก็กะปลกกะเปลี้ยลงและค่อยๆ พอกพูนความไม่พอใจในสภาพบ้านเมืองมากขึ้นเรื่อยๆ จนถึงอาการเครียด ก็พอดีทางเมืองไทยเข้มแข็งขึ้นมา คอยเข้ามากระหน่ำอยู่เรื่อยๆ จนอับปางแก้ไขไม่ฟื้น
อย่างไรก็ดี นักปราชญ์ก็อัศจรรย์ใจในงานก่อสร้างนครวัดนครธมเป็นต้นของเขมรว่า ผลงานยิ่งใหญ่ล้ำเลิศเช่นนั้นเกิดขึ้นได้อย่างไร จากการค้นคว้าทําให้ลงความเห็นว่า เป็นด้วยมีความมั่งคั่งทางเศรษฐกิจเป็นรากฐาน กล่าวคือระบบการชลประทานที่ดีเลิศ ซึ่งสืบกันมาตั้งแต่ยุคฟูนันอันนับเป็นของในถิ่นเอง มิใช่รับจากอารยธรรมอินเดีย
ด้วยระบบชลประทานนี้ชาวเขมรสามารถใช้ประโยชน์จากน้ำได้เต็มที่ มิให้มีทั้งปัญหาขาดแคลนน้ำและปัญหาน้ำมากเกินไป มีอ่างเก็บน้ำขนาดใหญ่ เช่น แห่งหนึ่งจุน้ำถึง ๓๐ ล้านลูกบาศก์เมตร มีลําคลอง คูระบายน้ำออกไปตามไร่นา หมู่บ้าน ให้ใช้ได้ทุกเวลาตามปรารถนา ทํานาได้ปีหนึ่งถึง ๓-๔ ครั้ง ภาพถ่ายทางอากาศทําให้เห็นระบบชลประทานเช่นนี้กว้างขวางเป็นเนื้อที่ถึง ๓๒.๒๙ ล้านไร่
กษัตริย์เขมรมีพระราชภารกิจสําคัญประการแรกคือจะต้องทรงบําเพ็ญพระราชกรณีย์เพื่อประโยชน์สุขแก่ประชาราษฎร์ โดยเฉพาะคืองานชลประทานนี้ให้สัมฤทธิ์ผลด้วยดีก่อน จึงจะทรงเริ่มงานสร้างปราสาทศักดิ์สิทธิ์ของพระองค์ได้ อาศัยเศรษฐกิจที่มั่นคงนี้เป็นฐาน ลัทธิเทวราช (หรือจะเป็นวิษณุราชหรือพุทธราชก็ตาม ก็มีสาระอย่างเดียวกัน) จึงมีประสิทธิภาพโดยทําหน้าที่เป็นเครื่องมือสําหรับจัดสรรและเกณฑ์แรงงานราษฎรให้ได้ผลเต็มที่ ช่วยให้เกิดกําลังเข้มแข็งบริบูรณ์
โดยนัยนี้ กษัตริย์จึงเป็นทั้งสัญลักษณ์แทนอํานาจของพระผู้เป็นเจ้าที่เป็นศูนย์กลางแห่งจักรวาล และเป็นสัญลักษณ์แห่งการสร้างสรรค์บันดาลความรุ่งเรืองอุดมสมบูรณ์ อย่างไรก็ตาม ลัทธิเทวราช (รวมทั้งวิษณุราช และพุทธราช) อิงอยู่กับศาสนาฮินดูและพุทธศาสนามหายาน ซึ่งไม่มีฐานทางด้านประชาชน เมื่อพุทธศาสนาเถรวาทเข้ามา ลัทธินั้นจึงเสื่อมไปโดยเร็ว
ในด้านศาสนาโดยตรง เมื่อพระเจ้าชัยวรมันที่ ๗ สวรรคตแล้ว พวกไศวะก็แสดงปฏิกิริยาต่อพระพุทธศาสนา โดยเอาพระพุทธรูปองค์ใหญ่ในพุทธวิหารบายนทิ้งลงหลุมเสีย แล้วนําศิวลึงค์ขึ้นประดิษฐานแทน แม้ในที่อื่นๆ ก็ได้ทําลายวัดและพระพุทธรูปหลายแห่ง เอาศิวลึงค์ตั้งแทนพระโลเกศวรทั้งหมด ส่วนรูปพระโลเกศวรจตุรพักตร์บนปรางค์และซุ้มประตูในนครธม พวกไศวะก็เปลี่ยนความนับถือเสียว่าเป็นรูปพระศิวะ ล้างลัทธิพุทธราชลงทั้งหมด อย่างไรก็ตาม ไม่ว่าศาสนาเดิมเหล่านี้ (ไศวะ ไวษณพ และมหายาน) จะแย่งความเคารพกันในรูปใดแบบใด อวสานของทั้งสามลัทธิก็กําลังใกล้เข้ามา เพราะพุทธศาสนาแบบเถรวาทแพร่หลายมีกําลังมากขึ้นทุกที ศาสนาเดิมทั้งสามลัทธินั้น แม้จะเจริญรุ่งเรืองในอาณาจักรเขมรมานานหลายศตวรรษแล้วก็ตาม แต่ก็เป็นเพียงศาสนาของราชสํานัก ขุนนาง และคนชั้นสูง พัวพันอยู่กับเรื่องฐานันดรศักดิ์และพิธีกรรมอันโอ่อ่าสิ้นเปลือง มีหน้าที่หลัก คือ การยกย่องรับรองเทวฐานะของกษัตริย์และเจ้านายด้วยการประกอบพิธีกรรมต่างๆ เป็นต้น รวมไปถึงการรับประกอบพิธีกรรมโดยเรียกค่าตอบแทนราคาแพง นับว่าเป็นการจํากัดตัวอยู่ในวงแคบ แม้จะเกี่ยวข้องกับประชาชนก็เป็นแบบที่เรียกว่ายื่นลงมาจากเบื้องบน ไม่เข้าถึงประชาชนอย่างแท้จริง ไม่กลมกลืนแทรกเข้าไปในความรู้สึกนึกคิดและการดําเนินชีวิตประจําวันของประชาชน และยังแยกเจ้านายกับประชาชนออกจากกันเสียอีกด้วย
สําหรับชาวบ้านโดยทั่วไป ศาสนาของเขาก็คือความเกี่ยวข้องกับผีสางเทวดาและการบูชาบรรพบุรุษ และคงจะมีพุทธศาสนาแบบเถรวาทที่สืบมาแต่โบราณเจือปนอยู่จางๆ นับว่าเป็นช่องว่างอย่างใหญ่หลวง ครั้นพุทธศาสนาแบบเถรวาทจากลังกาซึ่งได้ขัดเกลาใหม่ให้ชัดเจน และกําลังมีเรี่ยวแรงแห่งความสดชื่นกระตือรือร้นเผยแผ่เข้ามา ประชาชนชาวเขมรก็ยอมรับนับถือทั่วไปอย่างรวดเร็ว
ลักษณะสําคัญของเถรวาทที่เข้าถึงประชาชนได้อย่างดีในเวลานั้น มีผู้เขียนสรุปไว้ว่า เป็นศาสนาแบบง่ายๆ พื้นๆ ไม่ต้องมีคณะนักบวชไว้คอยดูแลรักษาศาสนสถานที่สูงค่าใหญ่โตหรือไว้ประกอบพิธีกรรมที่โอ่อ่าหรูหรา ผู้เผยแผ่ศาสนาก็เป็นพระที่เคร่งครัด เป็นอยู่ง่ายๆ หลีกเร้นอยู่สงบ บําเพ็ญสมาธิภาวนา เสียสละไม่มีทรัพย์สมบัติ ติดต่อเกี่ยวข้องอยู่ใกล้ชิดกับประชาชน อบรมสั่งสอนประชาชนด้วยตนเองโดยตรงด้วยเมตตากรุณา ไม่มีการเกณฑ์แรงงานมาก่อสร้างศาสนสถานอันใหญ่โต นอกจากนั้น พวกเด็กหนุ่มต้องการศึกษาเล่าเรียนก็มาอยู่กับพระในวัดชั่วระยะเวลาหนึ่ง ซึ่งต่างจากราชการหรือศาสนาเดิมที่ไม่มีโรงเรียนสอนให้เลย ด้วยเหตุนี้พุทธศาสนาเถรวาทจึงแพร่หลายกว้างขวางรวดเร็ว และเมื่อประชาชนจํานวนมากนับถือพุทธศาสนาแบบเถรวาทนี้แล้ว การเชื่อถือเกี่ยวกับความศักดิ์สิทธิ์ตามแบบศาสนาฮินดูนิกายไศวะก็ดี ไวษณพก็ดี พุทธศาสนามหายานก็ดี ก็เสื่อมไปเอง ความเป็นเทวราชที่กษัตริย์เป็นเทพเจ้าหรือพระพุทธเจ้าลงมาเกิดก็สิ้นสุดลง แรงชักจูงที่จะบันดาลใจให้ประชาชนมาลงแรงทําการใหญ่ อย่างการสร้างปราสาทหินก็ไม่มีฐานที่ตั้ง พวกพราหมณ์ก็เสื่อมอํานาจไปจากราชสํานัก และมีจํานวนลดน้อยลง ราชพิธีที่พราหมณ์ประกอบก็กลายเป็นของสักว่าทําๆ กันไป ไม่สู้มีความหมายเท่าใด
ส่วนพราหมณ์เมื่อออกจากวังหรือเทวาลัยของตนแล้ว ก็ไม่มีฐานอยู่ในหมู่ประชาชน อีกทั้งระบบวรรณะที่จะช่วยรองรับในสังคมอย่างในอินเดียก็ไม่มี ศาสนาเดิมจึงหมดไปรวดเร็วเหลือเกิน ถึงขั้นที่เรียกว่าสูญสิ้นทีเดียว แม้จะมามีอิทธิพลต่อประเพณีการปกครองและราชพิธีต่างๆ ในราชสํานักไทยสมัยอยุธยาไม่น้อย แต่ประชาชนทั่วไปก็ไม่รู้สึกว่าเกี่ยวข้องกับตน
นอกจากนั้น สภาวะนี้อาจมีผลต่อการสงครามกับประเทศไทยด้วย กล่าวคือ ชาวกัมพูชาสมัยนั้นอาจจะไม่สู้กระตือรือร้นที่จะต่อต้านข้าศึก เพราะชัยชนะของไทยซึ่งเป็นชาวพุทธฝ่ายเถรวาทย่อมจะอํานวยประโยชน์แก่ประชาชน ทําให้ไม่ถูกเกณฑ์แรงงาน เป็นอิสระ และมีโอกาสได้รับการศึกษาเพิ่มขึ้น มีหลักฐานว่ากษัตริย์ที่ครองราชย์อยู่ใน พ.ศ. ๑๘๓๙ พระราชทานที่ดินสร้างวัดพุทธศาสนาฝ่ายเถรวาท ศิลาจารึกในสมัยนี้ก็เปลี่ยนมาเป็นภาษาบาลี และต่อมาเทวสถานต่างๆ ของฮินดู ก็กลายมาเป็นวัดพุทธศาสนา
เมื่อเจาตากวนเดินทางมาในคณะทูตจีนถึงเมืองพระนครใน พ.ศ. ๑๘๓๙ เขาเขียนเล่าว่า ทุกคนบูชาพระพุทธเจ้า และพูดถึง จูกู (คือ เจ้ากู ซึ่งหมายถึงพระภิกษุสงฆ์เถรวาท) พร้อมทั้งบรรยายลักษณะการครองผ้า การดําเนินชีวิตและสภาพวัด เขาบอกว่า พวกเจ้านายชอบมาปรึกษาหารือกับพวกจูกูในเรื่องต่างๆ หลักฐานนี้แสดงว่าเวลานั้นพุทธศาสนาแบบเถรวาทจะต้องได้กลายเป็นศาสนาหลักของอาณาจักรเขมรไปแล้ว และเมื่อถึง พ.ศ. ๑๘๘๐ กษัตริย์กัมพูชาพร้อมทั้งราชสํานักทั้งหมดคงจะได้กลายเป็นพุทธศาสนิกชนฝ่ายเถรวาทแล้วทั้งหมด เพราะมีหลักฐานปรากฏถึงขั้นที่ว่า ทรงเจ้ากี้เจ้าการเป็นธุระที่จะให้กษัตริย์ลาวที่เคยลี้ภัยอยู่ในเขมร (เจ้าฟ้างุ้ม) เป็นพุทธศาสนิกชนที่ดี
ย้อนกล่าวทางด้านการเมือง หลังจากพระเจ้าชัยวรมันที่ ๗ สวรรคตแล้ว พอถึง พ.ศ. ๑๗๖๓ กองทัพเขมรต้องยกกลับจากจัมปา พวกจามก็เป็นอิสระขึ้น หลักฐานบางแห่งว่า แคว้นตามพรลิงคะก็ตั้งตัวเป็นเป็นอิสระขึ้นด้วย พร้อมกันนี้คนไทยก็มีอํานาจเข้มแข็งขึ้น พ.ศ. ๑๘๐๐ ก็ตั้งอาณาจักรสุโขทัยสําเร็จเป็นอิสระจากขอม เหนือขึ้นไปก็มีอาณาจักรลานนาไทย ตั้งขึ้นเป็นอิสระเช่นเดียวกัน ส่วนทางด้านพม่า อาณาจักรพุกามก็พอดีประสบปัญหาจากพวกมงโกลที่กําลังแผ่อํานาจลงมา จนถึงต้องสูญเสียอิสรภาพแก่กุบไลข่านใน พ.ศ. ๑๘๓๐ ระหว่างนี้อาณาจักรไทยก็รุ่งเรืองขึ้นโดยลําดับ ส่วนทางด้านอาณาจักรจัมปาคู่สงครามเดิมของเขมร ก็กําลังตั้งตัวขึ้นใหม่ และต้องหันความสนใจไปทางเวียดนามคู่ศึกอีกด้านหนึ่ง ซึ่งกําลังแผ่อํานาจลงมาจากทางเหนือ จึงเป็นการเปิดโอกาสช่วยให้กัมพูชาอยู่สงบในขณะที่มีกําลังลดน้อยลง เมื่อต้องอยู่สงบและมีพลังอํานาจจํากัดลงเช่นนี้ กัมพูชาก็ไม่สามารถระดมกําลังไปในด้านการก่อสร้างปราสาทหินใหญ่โตและการทําสงครามล่าดินแดน จึงหันมาสนใจส่งเสริมในด้านวิชาการ ทําให้การศึกษาเฟื่องฟูขึ้นระยะหนึ่ง ผู้คงแก่เรียนได้รับการยกย่องมีเกียรติยศสูง นักปราชญ์ราชบัณฑิตมีจํานวนเพิ่มมากขึ้นมากมาย และเป็นผู้มีอํานาจควบคุมบริหารกิจการของประเทศ
ต่อมาอาณาจักรไทยที่อยุธยาเรืองอํานาจขึ้น โดยยกทัพมาตีกัมพูชา ยึดนครธมได้หลายครั้ง คือใน พ.ศ. ๑๘๙๖ (ปราชญ์ตะวันตกลงความเห็นว่า พ.ศ. ๑๙๑๒) ยึดครองอยู่ ๖ ปี พ.ศ. ๑๙๓๒ ยึดครองอยู่เพียงชั่วคราว และใน พ.ศ. ๑๙๗๕ เป็นที่สุด การพ่ายแพ้ครั้งหลังนี้ทําให้กัมพูชาอ่อนแอลงเป็นอย่างมาก เพราะเกิดเรื่องวุ่นวายภายใน แย่งราชสมบัติกัน เป็นสงครามกลางเมือง ผู้คนล้มตายมาก กษัตริย์องค์ใหม่ได้ทิ้งเมืองนครธมไปตั้งราชธานีใหม่ที่เมืองศรีสันธอร์ แล้วย้ายต่อไปยังกรุงพนมเปญเป็นอันสิ้นสุดยุคพระนคร จากนั้นนครวัดนครธมก็ถูกปล่อยรกร้าง หมู่ไม้งอกงามรุกล้นเข้ามากลายเป็นเมืองลับหายอยู่กลางป่าดง จนถึง พ.ศ. ๒๔๐๔ จึงมีชาวฝรั่งเศสไปพบ และเริ่มมีการศึกษาค้นคว้า ตลอดจนการขุดแต่งบํารุงรักษาตามทางแห่งศิลปโบราณคดีสืบต่อมา
ยุคหลังนี้กัมพูชามีกําลังเข้มแข็งมาบ้างในระยะแรกๆ แต่เพราะการสงครามกับอาณาจักรไทยก็ต้องกลับสิ้นอํานาจลงอีก กลายเป็นเมืองขึ้นของไทย ในแผ่นดินพระนเรศวรมหาราช ตั้งแต่ พ.ศ. ๒๑๓๗ ถึง ๒๑๖๑ ครั้นได้เอกราชกลับคืนแล้ว ก็พอดีถึงระยะที่เวียดนามมีอํานาจมากขึ้น เพราะเวียดนามคู่สงครามกับจัมปาได้ปราบปรามจัมปาสําเร็จเด็ดขาด รวมจัมปาเข้าเป็นดินแดนของเวียดนามแล้ว ตั้งแต่ พ.ศ. ๒๐๑๔ พอถึงกลาง พ.ศต. ๒๒ ก็ได้ช่องที่กัมพูชาเปิดให้ จึงเข้ามาร่วมวงสงครามในภาคตะวันตกนับแต่นั้นมา กัมพูชาก็มีแต่อ่อนแอเสื่อมโทรมลง เพราะสงครามกับไทยบ้าง สงครามกับเวียดนามบ้าง แย่งชิงราชสมบัติทําสงครามภายในกันเองบ้าง ดึงไทยและเวียดนามเข้าไปกลายเป็นเวทีสงครามของสองประเทศนั้นบ้าง เป็นกันชนระหว่างสองประเทศนั้นบ้าง ตกเป็นเมืองขึ้นของไทยบ้าง ของเวียดนามบ้าง ของทั้งสองประเทศในเวลาเดียวกันบ้าง มีการย้ายเมืองหลวงหลายครั้ง จนกระทั่งถึงใกล้สิ้น พ.ศต. ๒๔ ฝรั่งเศสเริ่มเข้ามามีบทบาทในอินโดจีน ต่อมาไม่นานกัมพูชาก็กลายเป็นรัฐในอารักขาของฝรั่งเศสใน พ.ศ. ๒๔๐๖ และกลายเป็นเมืองขึ้นของฝรั่งเศสใน พ.ศ. ๒๔๑๐ ตราบถึง พ.ศ. ๒๔๙๗ จึงได้เอกราชกลับคืนและเรียกชื่อประเทศว่า พระราชอาณาจักรกัมพูชา มีเมืองหลวงชื่อ พนมเปญ มีกษัตริย์ครองราชย์มาตั้งแต่ พ.ศ. ๒๔๘๓ พระนามว่า “พระเจ้านโรดมสีหนุ”
ต่อมา พ.ศ. ๒๔๙๘ พระเจ้านโรดมสีหนุสละราชสมบัติให้พระเจ้านโรดมสุรามฤตราชบิดาขึ้นครองราชย์สืบแทน แล้วพระองค์เองตั้งพรรคการเมืองชื่อ สังคมราษฎร์นิยม และได้รับเลือกตั้งเป็นนายกรัฐมนตรี ถือนโยบายตั้งตนเป็นกลาง เมื่อพระเจ้านโรดมสุรามฤตสวรรคตแล้วใน พ.ศ. ๒๕๐๓ เจ้านโรดมสีหนุทรงเป็นประมุขแห่งรัฐ แต่มิได้ครองราชย์เป็นพระเจ้าแผ่นดิน ในด้านศาสนาถือพระพุทธศาสนาเป็นศาสนาประจําชาติอย่างเป็นทางการ เจ้านโรดมสีหนุผนวชเป็นพระภิกษุ ๒ ครั้ง ใน พ.ศ ๒๔๙๐ และ พ.ศ. ๒๕๐๖ ทรงคิดตั้งทฤษฎีพุทธสังคมนิยมของเขมรขึ้น เพื่อให้เป็นลัทธิการเมืองหรือระบอบการปกครองอย่างใหม่ซึ่งยึดพุทธธรรมเป็นหลักในการบริหารประเทศ หรืออีกนัยหนึ่งสร้างลัทธิสังคมนิยมแบบใหม่ที่มีคําสอนในพระพุทธศาสนาเป็นรากฐาน
อย่างไรก็ดี อาณาจักรกัมพูชาในสมัยใหม่นี้อยู่ในยุคที่อาเซียอาคเนย์เป็นเวทีการเมืองระหว่างประเทศ โดยเฉพาะเป็นที่แข่งขันแย่งอํานาจกันระหว่างค่ายโลกเสรีกับค่ายคอมมิวนิสม์ จึงประสบปัญหามากมายทั้งในด้านกิจการระหว่างประเทศ และความขัดแย้งกับประเทศเพื่อนบ้านในเรื่องอาณาเขต เป็นต้น โดยเฉพาะอย่างยิ่งกับเวียดนามคู่ศึกในอดีต ครั้นถึง พ.ศ. ๒๕๑๓ เจ้านโรดมสีหนุถูกปฏิวัติสิ้นอํานาจ ลัทธิพุทธสังคมนิยมก็เป็นหมันลง คณะผู้ยึดอํานาจประกาศเปลี่ยนราชอาณาจักรกัมพูชาเป็นสาธารณรัฐเขมร มีประธานาธิบดีคนแรกชื่อ นายพลลอนนอล รัฐบาลใหม่ประกาศย้ำว่ายังถือพระพุทธศาสนาเป็นศาสนาประจําชาติ และถือเป็นหน้าที่ที่จะปกป้องคุ้มครองทะนุบํารุงพระพุทธศาสนา แต่จะมุ่งส่งเสริมให้เข้มแข็งในระดับที่เป็นสถาบันสากลระหว่างประเทศ ส่วนคณะสงฆ์ก็ได้ประกาศท่าทีมิให้พระภิกษุเข้ายุ่งเกี่ยวกับการเมือง
พระพุทธศาสนาในประเทศกัมพูชาหลังยุคพระนครแล้ว คล้ายกันมากกับพระพุทธศาสนาในประเทศไทย ทั้งในด้านสังฆมณฑลและวัฒนธรรมประเพณี เช่น มีวัดและพระภิกษุสามเณรจํานวนมากมาย พระสงฆ์ได้รับความเคารพอย่างสูงจากประชาชน ทําหน้าที่เป็นครูอาจารย์ มีประเพณีให้เด็กและคนหนุ่มอยู่วัด เป็นศิษย์วัดหรือบวชเป็นภิกษุสามเณร เป็นต้น ทั้งนี้เพราะส่วนมากเป็นคติที่เผยแพร่หรือนําเอาไปจากประเทศไทย เหมือนกับเป็นการตอบแทนการที่ไทยเคยได้รับอิทธิพลวัฒนธรรมของขอมในกาลก่อน ดังตัวอย่างราชสํานักไทยปัจจุบันใช้ราชาศัพท์ภาษาเขมรและราชสํานักเขมรใช้ราชาศัพท์ภาษาไทย พระสงฆ์ก็มี ๒ นิกาย คือ มหานิกาย และธรรมยุติ เหมือนในประเทศไทย ทั้งนี้เกิดจากการที่สมด็จพระสุคันธาธิบดี (ปาน) ไปศึกษาปริยัติธรรมที่กรุงเทพมหานครในประเทศไทย ได้เล่าเรียนแบบแผนของคณะธรรมยุต แล้วนําระบอบธรรมยุติกนิกายไปตั้งในพระราชอาณาจักรกัมพูชา เมื่อ พ.ศ. ๒๔๐๗ และทรงเป็นประมุขสงฆ์องค์แรกแห่งคณะธรรมยุติกนิกายในเขมร
ประชากรเขมรใน พ.ศ. ๒๕๑๓ มีจํานวนทั้งสิ้นประมาณ ๗,๐๐๐,๐๐๐ คน เป็นพุทธศาสนิกชนร้อยละ ๙๐ มีวัดรวม ๓,๓๖๙ วัด (แบ่งเป็นวัดมหานิกาย ๓,๒๓๐ วัด วัดธรรมยุติ ๑๓๙ วัด) มีภิกษุสามเณรทั้งหมด ๖๕,๐๖๓ รูป (แบ่งเป็นมหานิกาย ๖๒,๖๗๘ รูป ธรรมยุต ๒,๓๘๕ รูป) การปกครองคณะสงฆ์ ๒ คณะนี้ แยกจากกันเด็ดขาด แต่ละคณะมีประมุขของตนเองไม่ขึ้นต่อกัน ถ้ามีกิจอันเนื่องด้วยประโยชน์สุขร่วมกัน ประมุขสองฝ่ายอาจทําประกาศเป็นแถลงการณ์ร่วมได้ ประมุขสงฆ์ฝ่ายมหานิกาย เรียกว่า “สมเด็จพระมหาสุเมธาธิบดีสังฆนายก คณะมหานิกาย” ประมุขสงฆ์ฝ่ายธรรมยุต เรียกว่า “สมเด็จพระสุธัมมาธิบดีสังฆนายก คณะธรรมยุตติกนิกาย”
ต่อมาเมื่อพระราชอาณาจักรกัมพูชาเปลี่ยนเป็นสาธารณรัฐเขมรแล้ว ประธานาธิบดีลอนนอลได้ประกาศถวายเกียรติยกย่องพระสังฆนายกทั้งสององค์นั้นขึ้นเป็นสมเด็จพระสังฆราช เมื่อวันที่ ๑๕ มกราคม ๒๕๑๕
ในด้านศาสนศึกษา นับว่าได้รับแบบแผนและอิทธิพลไปจากประเทศไทยเป็นส่วนใหญ่มาตั้งแต่เบื้องต้น กล่าวคือ สมเด็จพระมหาสังฆราชเที่ยง เมื่อครั้งยังเยาว์ได้ทรงรับการศึกษาพระพุทธศาสนาที่กรุงเทพฯ จนจบประโยคสูงสุด ต่อมาพระมหาวิมลธรรม (ทอง) ศิษย์ของสมเด็จพระสังฆราชเที่ยง ก็ได้เดินทางไปศึกษาที่กรุงเทพฯ เช่นเดียวกัน และได้กลับมาจัดตั้งโรงเรียนพุทธศาสนาเป็นครั้งแรกในกัมพูชา โรงเรียนบาลีแห่งแรกตั้งที่นครวัด เมื่อ พ.ศ. ๒๔๕๒ ต่อมาใน พ.ศ. ๒๔๕๗ ย้ายมาตั้งที่กรุงพนมเปญ เรียกชื่อว่า “ศาลาบาลีชั้นสูง” ระยะหลังได้เจริญขึ้นมาและเปลี่ยนชื่อใหม่อีกว่า “พุทธิกวิทยาลัย” และมีมหาวิทยาลัยพุทธศาสนาที่เจ้านโรดมสีหนุทรงตั้งขึ้น เรียกว่า “มหาวิทยาลัยพุทธศาสนาพระสีหนุราช” เริ่มดําเนินการสอนในชั้นปริญญาตรี เมื่อ พ.ศ. ๒๕๐๒ ปริญญาโท เมื่อ พ.ศ. ๒๕๐๕ และจะให้ปริญญาเอกต่อไปด้วย ใน พ.ศ. ๒๕๑๕ มีพระภิกษุเรียนปริญญาตรี ๑๕๐ รูป กําลังเรียนปริญญาโท ๕๔ รูป
ก่อน พ.ศ. ๒๕๐๔ มีพระภิกษุเขมรจํานวนมากเดินทางไปศึกษาพระปริยัติธรรมแผนกบาลี และมหาวิทยาลัยสงฆ์ในประเทศไทย พํานักอยู่ตามวัดต่างๆ ในกรุงเทพฯ แต่หลังจากเขมรตัดสัมพันธไมตรีกับประเทศไทยใน พ.ศ. ๒๕๐๔ แล้ว ความนิยมนี้ก็จําต้องหยุดชะงักไป อนึ่ง ใน พ.ศ. ๒๕๑๑ กัมพูชาได้จัดพิมพ์พระไตรปิฎกสําเร็จเสร็จสิ้น และได้ประกอบพิธีสมโภชเป็นทางราชการในปีต่อมา พระไตรปิฎกชุดนี้มีทั้งภาษาบาลีและคําแปลภาษาเขมรรวมอยู่ด้วยกัน เริ่มจัดทําตั้งแต่ พ.ศ. ๒๔๗๒ มีจํานวนชุดละ ๑๐๐ เล่ม แบ่งเป็นพระวินัย ๑๓ เล่ม พระสูตร ๖๓ เล่ม พระอภิธรรม ๓๔ เล่ม
ท่ามกลางสังคมสมัยใหม่ที่เปลี่ยนแปลงอย่างรวดเร็ว ได้มีสภาพการณ์ทางพระศาสนาที่น่าเป็นห่วงหลายอย่าง โดยเฉพาะในถิ่นที่เจริญขึ้นเป็นสังคมเมือง เด็กหนุ่มสาวรุ่นใหม่ได้รับการศึกษาแบบตะวันตก แม้รัฐจะจัดให้มีการสอนพุทธศาสนาในทุกระดับ เด็กก็เติบโตขึ้นแบบตะวันตก มีความสัมพันธ์กับวัดและพระสงฆ์น้อยเหลือเกิน การบวชเรียนยังมีแต่ในหมู่เด็กชนบท ส่วนในเมืองเด็กไปบวชเรียนหาได้ยาก แม้แต่ที่บวชระยะสั้นก็มีน้อยคน ยิ่งกว่านั้น ในตัวเมืองพระสงฆ์เลิกบิณฑบาตแล้ว พระเณรที่เรียนหนังสือต้องอาศัยนิตยภัตเป็นอยู่ กิจการทางพระพุทธศาสนาโดยทั่วไปมุ่งในด้านสังคมมากกว่าคุณค่าทางจิตใจ การปฏิบัติในทางสมาธิภาวนาเสื่อมจากความสนใจ ศาสนศึกษาเน้นด้านเหตุผล เลิกละความเชื่องมงายต่างๆ ก็จริง แต่ผู้เรียนมักมุ่งได้ปริญญา ประกาศนียบัตร และความก้าวหน้าในสังคม มากกว่างานค้นคว้าวิจัยและการยกระดับภูมิธรรมทางจิตใจ ประชาชนทั่วไปเกิดความหวั่นไหว มีศรัทธาสั่นคลอน เริ่มไม่มั่นใจในประสิทธิภาพของพระพุทธศาสนา เพราะหลักที่ยึดถือกันมาว่า ชาติ ศาสนา พระมหากษัตริย์ ต้องอยู่ด้วยกันไม่อาจแยกได้ ก็ได้เกิดการแยกขึ้นแล้ว ทฤษฎีพุทธสังคมนิยมที่ว่าจะนําไปสู่สันติสุขที่แท้จริง ยังไม่ทันเผล็ดผลออกมา ก็มีอันเหี่ยวเฉาไปเสียก่อน ทําให้คนต้องตั้งความหวังจากหลักการ ทฤษฎี หรือระบบอื่นต่อไป
นับแต่กัมพูชาเปลี่ยนเป็นสาธารณรัฐเขมรใน พ.ศ. ๒๕๑๓ แล้ว บ้านเมืองก็ประสบปัญหาปั่นป่วนวุ่นวายด้วยการศึกสงครามโดยตลอด ทั้งกับเวียดมินห์ เวียดกง และเขมรแดง จนถึงวันที่ ๑๖ เมษายน ๒๕๑๘ ก็พ่ายแพ้ถูกเขมรแดงเข้ายึดครองทั้งหมด กองทัพคอมมิวนิสต์พร้อมด้วยวัยรุ่นปฏิวัติได้ดําเนินการจัดระเบียบบ้านเมืองใหม่ด้วยวิธีการอันพลันแล่นและรุนแรง สังหารผู้ไม่เห็นพ้องและทหารฝ่ายรัฐบาลอย่างไม่ปรานีปราศรัย สั่งให้ประชาชนอพยพออกจากเมืองทั้งหมด และให้ไปตั้งถิ่นฐานในป่า หักร้างถางพงบุกเบิกที่ทําไร่ไถนาหากินกันใหม่ สาธารณรัฐเขมรเปลี่ยนเป็น “ประเทศกัมพูชาประชาธิปไตย” ใช้ระบบการปกครองแบบสังคมนิยมคอมมิวนิสม์ ส่วนผลที่เกิดแก่พระพุทธศาสนาอันเกิดจากความเปลี่ยนแปลงนี้ ปรากฏแก่สายตาของชาวพุทธนอกกัมพูชา เสมือนจุดอวสานที่ปิดคลุมด้วยม่านสีดํา หรืออย่างน้อยเหมือนการเลื่อนฉากสีดํามาบังไว้
พระเถระผู้นําชาวพุทธเขมรที่ลี้ภัยอยู่ในประเทศสหรัฐอเมริกา ได้เล่าแก่ที่ประชุม ณ ศาลาว่าการเมืองบอสตัน เมื่อเดือน เมษายน พ.ศ. ๒๕๒๔ ตอนหนึ่งว่า
“ดังที่ท่านก็ทราบอยู่แล้ว ประชาชนกัมพูชาเกินกว่า ๑ ใน ๓ ได้ถูกสังหารไปแล้ว ภายในเวลา ๑๐ ปีที่ผ่านนี้ รวมทั้งพระภิกษุเกือบทั้งหมด ๘๐,๐๐๐ รูป”
ในเดือนมกราคม ๒๕๒๒ กองทัพของสภาปฏิวัติของประชาชนแห่งกัมพูชา ซึ่งเวียดนามหนุนหลังได้เข้ายึดครองกรุงพนมเปญ และเปลี่ยนชื่อประเทศเป็น “สาธารณรัฐประชาชนกัมพูชา” โดยมี เฮงสัมริน เป็นประธานาธิบดี กองทัพของรัฐบาลประเทศกัมพูชาประชาธิปไตย ได้ถอยร่นเข้าไปอยู่ในป่า และทําสงครามเพื่อชิงอํานาจคืน การต่อสู้ยังคงดําเนินอยู่ หาความสุขสงบมิได้จนบัดนี้
วิริยปณฑิโต ภิกฺขุ (ปาง-ขัต). ปาฐกถาเรื่องประวัติศาสตร์พระพุทธศาสนาในสาธารณรัฐเขมร. กรุงเทพฯ: หจก. ศิวพร, พ.ศ. ๒๕๑๔.
สารานุกรมไทย ฉบับราชบัณฑิตยสถาน. (พ.ศ. ๒๔๙๘ - ๒๕๒๑), “กัมพูชา”, “เขมร”, “จัมปา", “เจนละ”.
Encyclopedia Americana. 1969 ed., s.v. “Angkor”, “Cambodia”, “Indochina”, “Southeast Asia”.
Encyclopaedia Britannica. 1968 ed., s.v. “Buddhism”, “Cambodia”, “Indian Art”.
Hall. D.G.E. A History of South-East Asia. New York: St. Martin's Press, 1970.
Harrison, Brian. South-East Asia, A Short History. London: Macmillan & Co., Ltd., 1963.
Mahasumedhadhipati, Somdech Phra (สมเด็จพระมหาสุเมธาธิบดี). "The Governing of the Buddhist Order in Cambodia”. Visakha Puja 2519, Bangkok 1976, pp. 40-47.
Zago, Marcello. “Contemporary Khmer Buddhism”. In Buddhism in the Modern World. Edited by Heinrich Dumoulin and John C. Maraldo. New York: Macmillan Publishing Co., Inc., 1976.